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3. 蛋白质结构预测 (1) 蛋白质二级结构预测 二级结构：是指广泛地存在于球状蛋白质内的α－螺旋（α-helix）、β－折叠（β-pleated sheet）和β－转角（β-turn）等规则的蛋白质局部结构单元。 在球状蛋白质中，常见若干相邻的二级结构单元组合在一起，形成规则的、在空间上能辨认的充当三级结构构件（block building）的二级结构组合体（combination），又称超二级结构（supersecondary structure）。 蛋白质二级结构的预测大多通过与已知蛋白质的三维结构和二级结构相比较，或通过计算各种结构中氨基酸出现的频率规律，结合人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法实现的。 目前，二级结构预测对α－螺旋预测精度较好，对β－折叠的预测精度差些。 蛋白质二级结构预测的工具 用于蛋白质二级结构预测的工具较多，如： PredictProtein （/） ANTHEPROT（http：//antheprot-pbil.ibcp.fr/） COILS（http：///）等等 其中最常用的是PredictProtein 由欧洲分子生物学实验室提供的一个web服务，可以对蛋白质序列和结构进行分析，web服务网址为： http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html 在此网页上提交序列后，可以得到一个结果文件。从此文件中可以获得此蛋白序列的许多信息： 序列的一些功能位点、domain、motif、序列形成的主要的二级结构、是否形成二硫键等。 PredictProtein PredictProtein在线分析蛋白质二级结构 1）进入PredictProtein主页， 点击Submission按钮进入 (2) 蛋白质三维结构预测 蛋白质三维结构指蛋白质的超二级结构、结构域、三级和四级结构所形成的空间构象。 通常通过X射线晶体衍射（X-ray crystallography）及核磁共振（NMR）等技术来分析蛋白质三维构象。 由于以上技术费时，需要特殊仪器和技术要求高，无法满足基因组测序产生的大量蛋白质数据的要求。急需利用已有的生物信息结合计算机技术，对蛋白质分子的三维结构进行模拟。 同源模建根据咨询蛋白与数据库中已知蛋白质的序列或二级结构的相似性，利用一定计算方法把同源蛋白的结构优化构建出预测结果 串线法是将咨询序列“穿”入各种已知的蛋白质骨架内，计算出未知结构序列折叠成各种已知折叠骨架的可能性，由此预测咨询序列的最合适结构 从头计算法根据分子的空间构象，通过计算分子力学及分子动力学进行结构预测，发现能量最低的构象。 swiss-model（三维结构预测） 由瑞士生物信息学研究所提供的一个web服务，可以根据一条蛋白质序列得到它的三维结构。 swiss－model的基本特点 swiss－model基于同源建模的原理来进行蛋白质三维结构预测 根据提交的蛋白质序列去数据库中搜索同源性较高的已知结构的蛋白，然后根据同源蛋白的结构进行模拟构建蛋白质的三维结构 但是，如果没有同源性较高的序 列不能进行结构预测。 应用SWISS-MODEL进行蛋白质三维结构预测 OMIM数据库基本信息 MIM----概述、克隆、 基因结构、物理图、 基因功能、 生化特征、 分子遗传学、 动物模型、 等位突变、 参考文献、 编辑史等． Eztrez gene ----分类、 参考序列、蛋白质等 Link out P53基因的OMIM检索结果： （2）GeneCards GeneCards数据库是由以色列Weizmann科学研究所（Weizmann Institute of Science）和Crown人类基因组中心（Crown Human Genome Center）建立和维护的 它链接、收集了如HUGO，SWISS-PORT，Genbank，PubMed，OMIM，HGMD，Unigene等五十多个数据库，提供有关人类、果蝇、小鼠等基因的相关信息，以及多种遗传性疾病、癌症、转基因资料 它对所有数据库的信息进行了科学地分类整理，形成了一个关于基因及其产物的生物学和医学信息的电子百科全书 它的智能化的导航系统，使用户能方便地查找感兴趣的内容。它还提供了几十个镜像站，与很多的研究所、医院