第一章 蛋白质化学2.pptVIP

二、蛋白质 的空间结构 蛋白质三维结构 （一）蛋白质的构象1. 构型和构象 构型：在具有相同结构式的立体异构体中取代基团在空间的相对取向，不同的构型如果没有共价键的破裂是不能互变的 构象：取代基团当单键旋转时形成的不同立体结构，构象形态间的改变不涉及共价键的破裂 如：乙烷分子的交叉型构象和重叠型构象 2. 多肽主链折叠的空间限制 理论上，一条多肽主链有无限种构象 蛋白质的天然构象：蛋白质在生物体内存在的具有生物学功能的一种或少数几种稳定构象 由于肽键的部分双键性质，使天然蛋白质主链上的单键不能自由旋转 完全伸展的多肽主链构象 （2）多肽链折叠的空间限制 一个多肽主链不可能有无限多种构象 原子基团之间不利的空间相互作用 肽单位有反式构象和顺式构象 侧链基团的相互干扰使得反式构象更稳定 脯氨酸残基多处于顺式构象中 （二）蛋白质分子内部的作用力 肽键、二硫键——一级结构 氢键、疏水作用、范德华力、离子键、二硫键——三维结构 （１）氢键( Hydrogen bond ) 两负电性原子对氢原子的静电引力所形成 X—H…Y 质子给予体X-H和质子接受体Y间相互作用 氢键具有： 方向性-（键角）指X—H与H…Y间的夹角 饱和性- X—H只与一个Y结合 氢键是稳定蛋白质二级结构的主要作用力 可以在侧链与侧链、侧链与介质水、主链肽基与侧链、主链肽基与水、主链肽基之间形成 ?-螺旋、?-折叠就是通过多肽主链上的羧基氧与酰胺氢之间的氢键来稳定的 （２）范德华力 (van der Waals force ) 只有当非共价键合原子或分子间处于适当的距离（范德华距离，即两个原子的范德华半径之和）时，范德华引力才能达到最大 单个范德华力作用力很弱，但其相互作用数量大，因而也不可忽视 （３）疏水作用( Hydrophobic Interaction) 球状蛋白质在水介质中将疏水残基埋藏在分子内部的现象称为疏水作用 非极性侧链为避开极性溶剂水彼此靠近所产生 主要存在蛋白质的内部结构 蛋白质表面通常具有极性链或区域 蛋白质可形成分子内疏水链/腔/缝隙 ——稳定生物大分子的高级结构 （４）离子键 ( ionic bond ) 又称盐键：具有相反电荷的两个基团间的静电相互作用 （5）二硫键 (Disulfide Bond) 由含硫氨基酸形成 起稳定肽链空间结构的作用 有些蛋白质的二硫键被破坏，蛋白质生物活性丧失，天然构象发生改变 （6）配位键(Metal-ion Coordination) 两个原子之间形成的共价键 共用电子对由其中一个原子提供，另一个原子提供空轨道 金属离子与蛋白质的结合方式 参与蛋白质高级结构的形成与维持 （7）酯键 (Ester Bond) Ser/Thr的羟基与AA的羧基形成酯键 磷酸与含羟基AA缩合形成磷酸酯键 综上，维持蛋白质高级结构的主要是氢键、范德华力、疏水相互作用和盐键等次级键(非共价键)。在部分蛋白质中，二硫键、配位键、酯键也参与维持蛋白质的空间结构 （三）蛋白质的二级结构（Secondary Structure） 蛋白质主链的折叠产生由氢键维系的有规则的构象——二级结构 二级结构单元主要有?-螺旋、 ?-折叠、?-转角、无规卷曲等 C. 螺旋体中所有氨基酸残基侧链都伸向外侧； D. 链内形成的氢键几乎平行于中心轴； 氢键是由每个肽基的c=o与后面第3个肽基的N-H之间形成，即每个氨基酸残基的C=O与后面第4个氨基酸残基的N-H之间形成 由两/多条几乎完全伸展的肽链平行排列，通过链间的氢键交联而形成 肽链主链呈锯齿状折叠构象 C?总是处于折叠的角上 AA的R基团处于折叠的棱角上并与之垂直 氢键主要在链间/同一肽链不同部分间形成 几乎所有肽键都参与链内/链间氢键的交联 氢键与链的长轴接近垂直 平行肽链间以氢键从侧面连接的构象 平行式：所有肽链的N-端都在同一边 反平行式：相邻两条肽链的方向相反 肽链主链骨架180°的回折结构 特点： 由4个连续的AA残基组成 第一个残基C=O 第四个残基NH O ……（ 氢 键 ）……… H —C—（NH—CH—CO）2—N— R 比较稳定的环状结构 （四） 超二级结构与结构域 1. 超二级结构 （supersecondary structure） 若干相邻的二级结构单元按照一定规律有规则组合在一起、相互作用，形成在空间构象上可彼此区别的二级结构组合单位 超二级结构类型