基于TCGA数据库结肠癌m-RNA差异表达基因及预后分析.pdfVIP

目录 中文摘要I 英文摘要I 常用缩写词中英文对照表V 1 前 言2 1.1 结肠癌研究现状2 1.2 生物网络研究进展3 1.3 本文研究内容3 2 对象与方法4 2.1 数据来源4 2.2 基因芯片数据预处理4 2.3 差异表达基因的筛选5 2.4 加权基因共表达网络分析6 2.5 预后分析8 2.6 软件实现9 3 结 果10 3.1CRC 差异表达基因分析10 3.2 CRC 差异表达基因聚类分析11 3.3CRC加权基因共表达网络构建12 3.4 结肠癌基因表达与预后的关系16 4 讨 论19 4.1CRC加权共表达网络19 4.2 CRC预后生物标志物20 4.3 研究不足20 5 结 论21 参考文献22 综 述25 附 录32 致 谢39 个人简介40 山西医科大学 （博）硕士学位论文 基于TCGA数据库结肠癌m-RNA差异表达基因及预后分析 摘 要 目的： 本研究通过对公共数据库TCGA(The Cancer GenomeAtlas)的高通量数据—— 结肠癌m-RNA 表达谱芯片进行生物信息学分析，探索结肠癌导致的基因表达水平 改变，对癌组织与癌旁组织的差异表达基因进行共表达网络分析，并估计结肠癌患 者的生存期，为探索结肠癌的分子机制和预后分析提供基础科学依据。 方法： 在公开阅览的TCGA 网站 （http://cancer /）下载大肠癌基因表达 谱数据集，包括：①32 例结肠癌 （结肠癌组）和32 例癌旁组织 （癌旁组）的mRNA 测序数据3 级 （原计数和期望最大化 （RSEM）归一化RNA-seq读取计数）；②507 例结肠癌患者的m-RNA 以及临床信息。经合并、整合后利用R 软件质控后对32 对结肠癌组和癌旁组的20531个基因进行m-RNA 差异表达分析以及差异表达基因 的热图制作，对差异表达基因进行共表达网络分析，对507例结肠癌患者进行生存 分析。 结果： 在结肠癌数据集中32 对结肠癌组和癌旁组的20531个基因中筛选出结肠癌中 2939个基因有显著的表达差异，其中上调基因1533个，下调基因1406个。对2939 个差异表达基因进行WGCNA 分析，最终得到10 个共表达基因模块。对507例结 肠癌患者估计中位生存期为7.57年，95%置信区间为(3.93,9.62)年。 I 山西医科大学 （博）硕士学位论文 结论： 本研究通过对公开数据库TCGA 的初步挖掘，发现结肠癌的差异表达基因以及 寻找结肠癌差异表达基因共表达的模块，可以对结肠癌基因组学相关研究提供经验 与参考。 关键词：癌症基因组图谱；差异表达分析；共表达网络分析；预后分析 II 山西医科大学 （博）硕士学位论文 Differential expressionofm-RNAgenesandprognosisanalysis ofcoloncancerbasedonTCGAdatabase Abstract Objective: Based on the public database of TCGA (The Cancer Genome Atlas)of high throughput datam-RNA expression profile chip,this study explored the changes of gene expression level induced by Colon Cancer (CRC), did coexpression network analysis of differenti