甘蓝黄绿叶色基因BoYgl-1和BoYgl-2的精细定位及候选基因分析.pdfVIP

摘 要 结球甘蓝(Brassica oleracea L. var. capitata)简称甘蓝，是一种重要的十字花科芸薹属蔬菜。 甘蓝叶色通常为绿色，YL-1 和4036Y 是本课题组发现的两个黄绿叶色突变体。本研究对两个突 变体进行了遗传规律分析及基因精细定位，完成了两个候选基因的变异分析，为揭示黄绿叶色形 成机理、促进甘蓝叶色育种奠定了基础。主要研究结果如下： 1. 在YL-1 的C01 染色体重组抑制区段精细定位了BoYgl-1 基因，揭示了该区段发生一个6.3 Mb 的倒位，候选基因Bo1g0784 70 和Bo1g078800 在YL-1 中启动子区域或编码区存在变异。以 黄绿叶色甘蓝突变体YL-1 和正常绿叶芥蓝自交系11-192 为亲本，构建BC -BC 分离群体，最终 3 5 将BoYgl-1 黄绿叶色基因定位于C01 染色体392 Kb 的区间。同时发现YL-1 在标记B4-4 和T1-49 之间发生了一个6.3 Mb 的染色体倒位，导致该区段严重的重组抑制。定位区间内共包含32 个基 因，其中Bo1g078470 编码CLPC2/HSP93-III 蛋白，调控叶绿体蛋白转运；Bo1g078800 编码一种 PPR 五肽重复蛋白，参与线粒体和叶绿体的RNA 编辑。因此，将Bo1g0784 70 与Bo1g078800 作 为BoYgl-1 的候选基因。与GL-1 （YL-1 近等基因系）相比，Bo1g078470 在YL-1 中的表达水平 下调了近5 倍，Bo1g078800 在GL-1 与YL-1 中的表达水平无显著差异。序列分析发现，Bo1g078470 在GL-1和 YL-1 中编码区无序列差异，但在YL-1 中启动子区域存在6 个SNP 变异；而Bo1g078800 在YL-1 中外显子区域存在11 个SNP 变异，造成9 个氨基酸的替换。推测由于Bo1g078470 基因 启动子的变异或Bo1g078800 基因编码区的突变，导致YL-1 出现黄绿叶色表型。 2. 精细定位了控制突变体4036Y 黄绿叶色的BoYgl-2 基因，揭示了候选基因Bo3g001140 在 4036Y 中缺失。以黄绿叶色甘蓝突变体4036Y 和正常绿叶甘蓝自交系01-20 为亲本，构建了六世 代群体，遗传分析表明黄绿叶色对正常绿色为单基因隐性遗传，将该基因命名为 BoYgl-2 。通过 杂交互补试验和BSA-seq 分析均表明BoYgl-2 是不同于BoYgl-1 的新基因。利用F 及BC 群体， 2 1 最终将BoYgl-2 黄绿叶色基因定位于C03 染色体左侧末端标记B36-11 左侧，遗传距离为0.1 cM， 区间大小为232 Kb 。定位区间内共包含53 个基因，其中Bo3g001140 编码一种PPR 五肽重复蛋 白，参与RNA 编辑及叶绿体发育；Bo3g001370 编码一种ATXR3 类蛋白，参与叶绿体蛋白转运。 因此，将Bo3g001140 和Bo3g001370 作为BoYgl-2 的候选基因。序列分析发现，Bo3g001370 在 4036Y 和4036G （4036Y 近等基因系）中编码区及启动子区域都无序列差异。Bo3g001140 基因在 4036G 中全长为1455 bp，但在4036Y 中无扩增条带。利用重测序数据，通过Reads-IGV 可视化 分析及标记验证分析，发现4036Y 中C03 染色体左侧末端约162 Kb 的区域缺失，推测由于该区 域内Bo3g001140 基因的缺失，导致4036Y 出现黄绿叶色表型。 关键词：甘蓝，黄绿叶色突变体，遗传分析，精细定位，候选基因 I Abstract Cabbage (Brassica oleracea L. var. capitata) is an important vegetable crop, which belongs to the