中科大MS--Reflexplus的应用举例.pptVIP

Reflex plus 的应用举例 Reflex Plus: 用于从粉末衍射数据推出晶体结构，一般分为四 步： indexing, Pawley fitting, structure solution, and Rietveld refinement. ? Indexing ：利用粉末衍射谱中的峰位确定晶系和估计晶格常 数（ TREOR90 ， DICVOL91 ， ITO15 or X-Cell ）。 ? Pawley fitting: 精确确定晶格常数、实验及样品相关的参数 （零点校正，背底参数，峰型参数 . 进一步利用峰强信息通 过 Pawley refinement 得到材料可能的空间群。 ? Structure solution ： 通过 Powder Solve 确定晶胞中原子的位 置。 尝试不同的原子排列以得到最低的 R wp 。（结构对称性， 原子或基团的自由度，基团的构型需要预先用量子化学的方 法计算）。 ? Rietveld refinement ：用 Rietveld refinement 改进结构。 例：从 Fin31 衍射数据得到 Fin31 的晶体结构 一、 Indexing ：导入 Fin31 的衍射谱，去背底，平滑， 剥离 K a 2 产生的衍射峰。 fin31 (Background Removed) (Smoothed) (Stripped).xcd 可放大查看所选的峰是否合适 二、 Pawley refinement ：得到晶格常数、峰型参数、空 间群、样品参数等信息。 可再做一次精修 , R wp =7.75% 保 存 精 修 设 置 搜索可能的空间群 对具有对称性的空晶胞精修 三、 Structure solution ：尝试往晶胞 中添加原子。 把 empty_cell_P63m_refined.xsd 另存为 empty_cell_P63m.xsd Build ? Crystals ? Rebuild Crystal Options tab ? Ignore special positions ? Rebuild 添加原子： Fin31 分子式： Ca 5 F(PO 4 ) 3 ，密度： 3.2 g/cm 3 画出 Ca 原子，拷贝后黏贴到 empty_cell_P63m.xsd 五次 同样画出 F 原子，拷贝后黏贴到 empty_cell_P63m.xsd 画出 PO 4 基团 用 vamp 做构型优化 把优化后的基团黏贴到 empty_cell_P63m.xsd 三次 3.2 ？？ 原子应该在特殊位置 按照晶体学国际表， P63/m 对称性的晶胞中特殊点的等效位分别是 2,4,6 个，而一般点的等效位是 12. 如果一个原子处于等效位有 ms 的 位置，而一般位置的等效位置为 mg ，则它的占据比为 ms/mg. 因此， P63/m 中等效位为 2, 4 和 6 相对应的占据比分别为 1/6, 1/3, 1/2. 满足 此要求的所有的组合有： 等效位个数是 2 的 特殊位置是 4 个， 而且 F 必须占据一 个 1/6(2) 的位置。 仍有多种可能，从简 单到复杂进行尝试 从 empty_cell_P63m.xsd 中删除所有原子，修改 Ca 原子 的占据比为 0.3333333 。设定原子的运动自由度，然后把 原子拷贝黏贴到 empty_cell_P63m.xsd 。再设 Ca 占据比 为 0.5 ，同样拷贝黏贴。设 F 占据比为 0.1666667 ，同样拷 贝黏贴。 设 PO 4 占据比为 0.5 ，同样拷贝黏贴 把 empty_cell_P63m.xsd 改名为 FIN31.xsd Powder Solve: