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甘蓝型油菜千粒重的遗传分析和主效QTL cqSW.A03-2 的精细定位 目 录 摘 要 i ABSTRACT iii 缩略语表 v 1 前言 1 1.1 研究问题的由来 1 1.2 甘蓝型油菜千粒重的研究进展 1 1.2.1 千粒重的遗传 1 1.2.2 千粒重的QTL 定位 2 1.2.3 千粒重的关联分析 4 1.2.4 千粒重QTL 的克隆 5 1.2.5 通过反向遗传学研究油菜粒重调控机理 6 1.2.6 影响油菜粒重的其他因素 7 1.2.7 油菜粒重的遗传改良 7 1.3 作物数量性状解析策略研究 8 1.3.1 基于双亲衍生群体的连锁分析 9 1.3.2 基于多亲本衍生群体的连锁分析 9 1.3.3 基于多亲本衍生群体的关联分析 11 1.3.4 基于自然群体的关联分析 12 1.3.5 基于混合群体的测序分析 13 1.4 种子大小调控机制研究 14 1.4.1 模式植物拟南芥种子大小调控机理研究 14 1.4.2 AHK 基因家族调控种子大小机理研究 20 1.5 本研究的目的和意义 22 2 材料与方法 23 2.1 试验材料 23 2.2 田间试验设计和性状考察 24 2.2.1 田间试验与表型考察 24 2.2.2 数据分析 25 2.3 DH 群体基因型鉴定 25 2.3.1 DNA 提取 25 2.3.2 DH 标记分析 26 2.4 标记开发和分析 27 2.5 遗传连锁图谱构建 27 2.6 QTL 检测 28 2.7 QTL 整合 28 2.8 QTL 上位性检测 28 2.9 前景选择和背景选择 29 2.10 cqSW.A03-2 局部遗传连锁图谱构建和效应分析 29 2.11 cqSW.A03-2 的精细定位 29 i 华中农业大学2019 届博士研究生学位(毕业)论文 2.12 目标区间候选基因序列分析30 2.12.1 重测序数据比对30 2.12.2 TA 克隆与比较测序30 2.13 候选基因表达分析30 2.13.1 油菜总RNA 提取和逆转录30 2.13.2 qRT-PCR 31 2.14 关联分析32 2.15 遗传转化载体构建32 2.15.1 候选基因互补载体构建32 2.15.2 启动子活性检测载体构建34 2.16 农杆菌介导的遗传转化35 2.16.1 油菜遗传转化方法35 2.16.2 转基因植株检测36 2.17 双荧光素酶报告基因检测36 2.17.1 试剂制备36 2.17.2 拟南芥原生质体转化和瞬时表达37 2.17.3 报告基因的检测37 3 结果与分析38 3.1 亲本ZY50 和7-5 及其衍生后代千粒重表型变异和遗传分析38 3.1.1 亲本千粒重表现38 3.1.2 亲本及DH 群体表型分析39 3.2 DH 群体标记分析与遗传连锁图谱构建41 3.2.1 遗传连锁图谱构建41 3.2.2 DH 群体标记偏分离检测和基因型组成分析41 3.2.3 连锁图谱的共线性分析42 3.3 DH 群体QTL 检测45 3.3.1 QTL 定位与整合45 3.3.2 QTL 上位性分析49 3.4 cqSW.A03-2 位点近等基因系的构建50 3.4