不同SNP分型技术在猪基因组选择中效果评估及全基因组关联研究.pdfVIP

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2021-01-09 发布于江苏
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不同SNP分型技术在猪基因组选择中效果评估及全基因组关联研究.pdf

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不同SNP 分型技术在猪基因组选择中效果评估及全基因组关联研究目录摘要i Abstract iv 缩略词表（Abbreviations ）vii 1 前言 1 1.1 研究问题的由来 1 1.2 猪基因组选择研究进展2 1.2.1 猪基因组选择提出背景2 1.2.2 猪基因组选择研究进展4 1.3 基因组选择准确性的影响因素分析 5 1.4 新一代测序技术在畜禽基因组育种中的应用 10 1.4.1 基于新一代测序的基因分型技术介绍 10 1.4.2 新一代测序技术在畜禽基因组育种中应用的研究进展 14 1.5 精细定位在猪致因突变鉴定方面的研究进展 15 1.6 研究的目的和意义 17 1.7 研究技术路线 18 2 第一章大白猪繁殖性状全基因组选择效果评估 19 2.1 引言 19 2.2 材料与方法 19 2.2.1 群体背景结构与表型数据统计性描述 19 2.2.2 RAD-seq 建库实验仪器20 2.2.3 RAD-seq 实验试剂及配置21 2.2.4 建库实验方法22 接头退火23 文库构建与文库质控23 2.2.5 测序数据分析方法27 2.2.6 基因组育种值预测方法27 BLUP 育种值预测方法27 GBLUP 方法27 SS-GBLUP 方法28 基于标记辅助的BLUP 技术（Marker-assisted BLUP, MBLUP ）方法28 育种值预测的准确性与偏向性29 2.3 结果与分析 30 2.3.1 RAD-seq 测序数据统计 30 2.3.2 基于RAD-seq 的SNP 分型 30 2.3.3 遗传参数估计 33 2.3.4 育种值估计准确性 34 2.3.5 育种值估计的偏向性 34 2.3.6 基于大效应位点的育种值计算 35 2.4 讨论 36 3 第二章 RAD-seq 技术和SNP 芯片对大白猪全基因组选择效果比较 38 3.1 引言 38 3.2 材料与方法 39 3.2.1 表型与系谱 39 3.2.2 基于BGI-seq500 的RAD-seq 39 3.2.3 RAD-seq 数据分析40 3.2.4 SNP 芯片检测与数据分析40 3.2.5 方差组分和性状遗传力估计40 3.2.6 育种值估计准确性评估41 3.3 结果与分析42 3.3.1 基于系谱数据估计遗传力的大白猪表型统计42 I 华中农业大学2020 届博士研究生学位（毕业）论文 3.3.2 用于基因组遗传力估计和育种值准确性评估的大白猪表型统计43