基于RNA-seq技术对狗獾肝脏和白色脂肪组织基因表达季节差异的研究.pdf

摘要 摘要 狗獾（Melesmeles）属于鼬科（Mustelidae），狗獾属（Meles），为中小型 穴居动物。该物种广泛分布于欧亚大陆，具有极强的环境适应能力。先前的研究 已经表明了狗獾在野生环境和圈养环境下生理活动均存在明显的季节性差异。为 了从基因表达层面了解圈养狗獾不同时期的差异，我们对夏季（8月）和冬季（2 月）狗獾的肝脏和白色脂肪组织进行了转录组测序。主要结果如下： 1 RNA-seq 3 （）我们使用 技术对夏季和冬季各 只圈养狗獾的肝脏和白色脂 肪组织进行了测序。在对原始数据进行过滤之后，每个样本得到了6.19Gb 到 8.63Gb 的cleanreads。我们对所有样品进行Denove 组装，一共得到了254659 unigenes N50 2617bp 1115bp unigenes 条 ， 和平均长度分别为 和 。之后对 进行功 能注释和分析，有117165个unigenes 在Nr 数据库中注释成功，占总unigenes 数目的46%，有28428 个（11.16%）unigenes 在所有数据库中都得到了注释。 GO 87358 unigenes 注释结果显示， 条 被分类到生物学过程、细胞组分和分子功 能三大类中。KEGG 分析结果显示69883个unigenes 被注释到232 条KEGG 代 谢通路中。KOG 分析结果显示43863 个unigenes 被划分到26 个KOG 类中。 2 DESeq （）我们使用 程序进行差异表达基因的筛选。我们从肝脏组织中筛 选到405 个差异表达基因，其中有225 个基因在夏季肝脏组织中上调，180个基 因在冬季肝脏组织中上调。从白色脂肪组织中筛选到366个差异表达基因，其中 210 156 有 个基因在夏季白色脂肪组织中上调，有 个基因在冬季白色脂肪组织中 上调。基于差异表达基因我们分析了圈养狗獾在不同季节的压力响应，我们发现 热休克蛋白等与压力相关的基因在夏季上调表达，这提示狗獾在夏季可能面临更 多的压力。 （3）GO 功能富集分析结果显示，在肝脏组织中，冬季上调表达的基因的 显著富集到脂肪酸生物合成过程、细胞酮体代谢过程、ATP 代谢过程等GOterms 中。在白色脂肪组织中，冬季上调表达的基因显著富集到脂肪酸代谢过程、脂肪 酸生物合成过程和分泌等GOterms 上。KEGG 通路富集分析显示，在冬季肝脏 组织中上调表达的基因显著富集到脂肪酸生物合成、酮体的合成和降解、胰高血 糖素信号等通路。在白色脂肪组织中，冬季上调表达的基因显著富集到包括脂肪 酸生物合成、胰岛素信号通路、脂肪细胞因子信号通路、胰岛素抵抗等在内通路。 这表明圈养狗獾在不同季节的能量代谢、脂质代谢以及血糖调节等方面存在一定 的差异。 本研究通过对狗獾进行转录组测序和分析，获得并注释了大量的功能基因， I 摘要 同时初步阐述了不同季节圈养条件下狗獾压力响应和代谢的差异。本研究的结果 为进一步理解哺乳动物适应季节变化提供了新的见解，也为狗獾的养殖提供一定 的科学依据。 关键词：狗獾，RNA-seq，功能注释，差异表达基因 II Abstract Abstract Eurasian badgers, order Canivora, Genus Meles, are small and medium-sized