【国自然】用遗传地理时空模型预测H5N1禽流感病毒的传播及控制策略研究.docxVIP

项目名称： 使用遗传地舆时空模型猜测H5N1禽流感病毒的传达及操控战略研讨 首席科学家： 徐冰 清华大学 起止年限： 2010年1月-2014年8月 依托部分： 教育部 一、研讨内容 研讨禽流感的迸发、传达要素演化规矩、传达机制、病毒进化特性、病毒变异与致病性和操控战略，关于国家针对禽流感的防控和应急机制的树立，以及有关方针的拟定和点评都有重大意义。针对国家、区域可持续发展和盛行症防控系统建造所需的根底科学支撑，结合国内外研讨现状与存在问题，本项目拟处理以下要害科学问题： 1.天然环境改变与社会网络构架下禽流感传达要素演化规矩 经过研讨说明天然环境、留鸟栖息地及迁徙路途与禽流感传达之间的规矩，确认社会网络、家禽买卖运送网络对禽流感区域性盛行的影响，在此根底上对留鸟的非接连式传达和家禽的接连式传达在整个禽流感传达中的位置与效果做出科学点评。 2.禽流感病毒源头与地舆传达途径 使用多传感器、多时相、多分辨率的遥感数据对留鸟栖息地和迁徙路途在不同的空间标准和接连的时刻序列上进行监测和制图；隔阂确认留鸟首要越冬地和繁殖地对应联络，明晰其迁徙路途。经过禽流感病毒传达的遗传学微观剖析和地舆学微观研讨相结合，探究处理禽流感病毒源头和地舆传达途径的科学问题。 3.禽流感病毒变异与致病性的联络 病毒基因骤变与其致病力之间的联络是禽流感病毒研讨中的热点问题之一。科学家们遍及重视位点的骤变是否与宿主来历和地舆位置相关，也重视病毒致病力是否与病毒地址的宿主与地址的区域有相关性。答复这些问题，还需求新的剖析办法的支撑，包含经过生物信息学剖析与蛋白质结构剖析与猜测找到基因骤变与病毒致病力的或许联络；经过反向遗传学试验办法来验证禽流感病毒蛋白质骤变与病毒致病力的联络。 4.禽流感病毒传达机制的定量化研讨和防控战略的优化理论 经过树立禽流感网络传达模型，探究定量化研讨禽流感病毒传达机制的途径,隔阂为拟定优化的防控战略奠定理论根底。禽流感网络传达模型将依据集体盛行病学数学模型、网络剖析、生物遗传信息、遥感和地舆信息系统技能，经过联合留鸟传达途径、家禽流转网及人类居民区，模仿禽流感病毒在全球、我国及鄱阳湖/青海湖区域三个层面的传达，并集成耦合依据智能体的个别模型。该耦合模型旨在猜测禽流感病毒的传达趋势，提醒禽流感病毒时空传达机制，为有用防控禽流感传达供给决议计划支撑。 环绕要害科学问题并结合专家组主张，本项目研讨的内容包含以下几个方面： 1．禽流感传达要素的演化规矩和未来传达趋势猜测 一部分经过研讨天然环境、留鸟栖息地及迁徙路途与禽流感迸发与传达之间的联络和禽流感传达要素的演化规矩，点评留鸟的非接连式传达办法在禽流感传达中的位置与效果。另一部分经过研讨居民点、家禽运送网络和家禽感染途径的联络，点评家禽接连式传达办法在禽流感传达中的位置与效果；并且经过研讨农户衔接度、野鸟触摸程度和免疫程度来点评后院饲养在禽流感家禽接连式传达中的位置和效果。 2．禽流感病毒基因组进化与遗传变异规矩 使用本项目组前期所测病毒基因组序列和GenBank等网站上已发布序列，进行禽流感病毒基因组的进化剖析，使用病毒基因组和各个基因片段进化剖析成果，比较研讨病毒基因的重排情况；隔阂经过对病毒基因组的多序列比对，找出病毒各个基因片段的核酸及蛋白的变异位点，结合病毒采样的时刻、地址、宿主以及进化分支等信息，使用生物信息学手法剖析和总结禽流感病毒遗传变异规矩，并进一步猜测禽流感病毒的或许传达途径以及盛行趋势。另一方面在前期对很多禽流感病毒基因组测序和流感病毒数据库构建完结的根底上，搜集和收拾不隔阂期、不同宿主、不同采样区域的病毒序列。对病毒的各个基因片段以及全基因组进行进化剖析，隔阂对病毒各个基因序列的单碱基骤变、片段刺进和缺失以及重排等变异进行总结和剖析，特别是对不同单碱基骤变间的相关性和特征进行剖析。归纳进化和变异的剖析成果，并结合病毒抗原性等特征，树立一套全新的禽流感病毒基因分型的办法，以剖析禽流感病毒基因组进化与遗传变异规矩。 3．反向遗传学验证禽流感病毒变异与致病力的联络 使用现在崇高揭露的海量数据和本项目中发生的禽流感病毒基因组数据，进行数据比对，位点频率测定和非同义骤变与同义骤变比值的核算，寻觅潜在的重要骤变位点。然后依据对病毒基因组变异剖析的成果，使用蛋白质结构模仿得到的成果确认需求骤变的位点，经过反向遗传学试验办法来验证病毒蛋白质骤变与病毒致病力的联络。并整合树立包含有病毒蛋白质的?“骤变位点－地舆时空散布”、“骤变位点－宿主类型”、“骤变位点－病毒型别”、“骤变位点－病毒性质”等维度数据信息的数据库，之后使用搜集收拾的信息进行数据整合和数据发掘。本项目将要点重视位点的骤变是否与宿主来历、地舆位置相关；隔阂讨论病毒致病力是否与病毒地址的宿主和地址的区域具有相关性。 4．集体