NCBI资源的使用及进化树的构建.pptVIP

2021/3/23 * 2021/3/23 * 2021/3/23 * 2021/3/23 * Clustalx的输出结果 .aln格式文件 这个文件是默认输出,可以转换成各种格式,而且很多软件都支持这种格式。 .dnd格式文件 引导树。就是根据两两序列相似值构建的一个指导后面多重联配的启发树 不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源位点的一个综合效应,因此应该用.aln格式文件专门做进化分析。 2021/3/23 * 将XXX.phy文件拷到PHYLIP文件夹中的exe文件夹下 2021/3/23 * 1 2 3 4 依次使用seqboot,dnadist,neighbor,consense 2021/3/23 * seqboot?重复抽样:双击seqboot,输入BPH.phy,回车 2021/3/23 * 输入R,回车,把数字改为1000。 代表 自举值 bootstrap = 1000。 如果bootstrap值太低,则树不可靠 2021/3/23 * 自引导评估(bootstrap): Bootstrap是由Felsenstein （PHYLIP的编写者）引入分子分类领域的,现己成为分析分子树置信区间最常用的方法。 可以对任何建树方法进行评估。模拟研究表明,在合适的条件下也就是各种替换速率基本相等,树枝基本对称的条件下,如果自引导数值大于70,那么所得的系统发育进化树能够反映真实的系统发生史的可能性要大于95 % 。 2021/3/23 * 其他不管,输入Y,回车。Random number seed”(随机种子数),数值必须是 4n+1(n为正整数),例如输入“5 or 9 or 13等等”,此为随机数,对结果没影响。然后再回车。可以看到计算过程。 2021/3/23 * 看到exe文件夹中出现一个 outfile 文件,然后可以把seqboot关掉了 2021/3/23 * dnadist?计算核苷酸距离矩阵 把刚才的outfile改名,如dnadistinfile 双击dnadist,输入dnadistinfile,回车 输入D,选择模型,如改成kimura-2 输入M,然后输入D,再输入1000,和上面步骤要一致即自举值bootstrap=1000 2021/3/23 * 输入1000后,回车。再输入y,回车。可见运算过程。运算完成后,再次出现一个outfile文件。关掉dnadist程序。 2021/3/23 * neighbor?邻接法建树 将outfile改名,如neighborinfile。 双击neighbor,然后输入neighborinfile 2021/3/23 * 输入n,选择neighbor-joining,使用邻接法做树,不要选UPGMA。 输入m,再输入1000,回车。Random seed,还是输入9。 然后输入y,回车。可见运算过程。算完后,文件夹中多了outtree和outfile两个文件。然后关闭neighbor程序。 2021/3/23 * consense?构建一致树 此时,exe文件夹中又多了一个outfile和一个outtree文件。现在一共有dnadistinfile,neighborinfile,outfile,outtree 等4个文件。 将outtree改名,如neighborintree 将outfile改名,如beighboroutfile 双击consense 2021/3/23 * 不要改动参数,直接输入y,回车 然后可以看见多了两个文件,outtree和outfile 2021/3/23 * outtree就是最终得到的一致树,使用treeview打开outtree,然后可以编辑 2021/3/23 * 序列搜索,比对以及进化树的构建 2021/3/23 * NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 美国国立生物技术信息中心 NCBI负责管理GenBank。 GenBank是美国国立卫生研究院维护的基因序列数据库,汇集并注释了所有公开的核酸序列。 2021/3/23 * GenBank与日本DNA数据库（DNA Data Bank of Japan, DDBJ）以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库（European Molecular Biology Laboratory, EMBL）,所有这3个中心都可以独立地接受数据提交,而3个中心之间则逐日交换信息,并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。因此他们是相等的。 2021/3/23 * 序列搜索,分析和比对以及使用Cluxtal, phylip用邻接法做进化树的简易教程