食品微生物学 第九章 微生物分子进化与分类学.pptVIP

* * 四）、微生物分类的方法 1. 经典分类法：采用双歧法整理实验结果 2. 数值分类法：测定100项以上的各种性状，利用计算机进行菌株的相互比较，并得出总的相似值。一般认为同种微生物菌株之间的相似性≧80%。 3. 遗传分类法：DNA杂交；G+C含量的测定[DNA分子中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）所占的摩尔百分比值,即（G+C）mol%=(G+C)/(A+T+G+C) ×100% ]；16S rRNA碱基测序 * * 三、微生物的常用分类系统 一）细菌： 《伯杰氏细菌鉴定手册》（第八、第九版）、 《伯杰氏系统细菌学手册》（第一版）。普雷沃（法）“细菌分类”。原核生物分类系统。 二）放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。克拉西里尼可夫（前苏联）“细菌放线菌分类手册”。瓦克斯曼（美）“放线菌分类”。 三）真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统 一）细菌分类系统 概要 伯杰氏细菌分类系统：国际普遍采用 原核生物分类系统：Carl Woese,首次为单细胞的原核生物建立了真正的系统发育树。 PREVOT分类系统：生理特征为依据，用于厌氧菌 医学细菌鉴定手册：医学细菌鉴定为目的 1 伯杰氏细菌分类系统：《伯杰氏细菌鉴定手册》、《伯杰氏系统细菌学手冊 》 《伯杰氏细菌鉴定手册》是细菌分类系统的综合和标准，由美国细菌学家协会（现称美国微生物学会）发起编写的，最初指定David H. Bergey作为编委会主席，在1923年出版了手册的第一版，相继在1925、1930、1934、1939、1948、1957、1994年出版了第二至第九版，成为国际上细菌学家普遍接受和采用。 * * 第九章 微生物分子进化与分类学 * * 主要内容 一、核糖体RNA序列分析与三域理论 二、分类学与命名法则 三、微生物的常用分类系统 一、RNA作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 2）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 5）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究； 4）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 1）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的80%)，也易于提取； 因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 3）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。 （参见P316） rRNA的顺序和进化 rRNA序列测定和分析方法分两类：寡核苷酸编目法和全序列分析法。 1.???? 寡核苷酸编目分析法 20世纪80年代以前的研究,主要是采用寡核苷酸编目分析法。 rRNA的顺序和进化 2.???? 全序列分析法 寡核苷酸编目分析法，只获得了16SrRNA分子的大约30%的序列资料，加上采用的是一种简单相似性的计算方法，所以其结果有可能出现误差，应用上受到一定限制。 随着核酸序列分析技术的发展，20世纪80年代末又陆续发展了一些rRNA全序列分析方法，其中最常用的是直接序列分析法。这种方法用反转录酶和双脱氧序列分析，可以对未经纯化的rRNA抽提物进行直接的序列测定。 三、rRNA和系统发育树 1. rRNA的顺序和进化 培养微生物 提取并纯化rRNA rRNA序列测定 分析比较 微生物之间的系统发育关系 2. 系统发育树 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为 分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各 种(类)生物之间的亲缘关系。 分枝的末端和分枝的连结点称为结，代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。系统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度变化来表示分子序列的差异数值。 16 S r RNA系统发育树 1）生物三域理论：真核生物域、细菌域、古细菌域 2）建立16 S r RNA系统发育树的意义 a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； 传统的生物进化研究，主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限于研究后生生物（metazoa），而后者仅占整个生物进化历程的1/5 b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法； c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全 新的分类理论； e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。 “Taxonomists counts suggest that insects dominate the