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平行：所有肽链的N端处于同一端，氢键不与肽链走向垂直。如： β- 角蛋白。 第五十二页，共69页。 4种二级结构 第五十三页，共69页。 蛋白质二级结构预测网络资源 蛋白质序列分析 名称 网址 APSSP http://imtech.res.in/raghava/apssp/ CDM /cdm/ PSIPRED http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/psiform.html FORTER http://distill.ucd.ie/porter/ Predictprotein SSpro / 第五十四页，共69页。 使用SSPro服务器预测RGDV Pns10蛋白质二级结构 SSPro使用神经网络和同源分析混合进行蛋白质二级结构预测 Email接收的预测结果: 双行显示,上行为目的序列,下行为对应的二级结构, 其中C表示Coil(无规则卷曲), H表示Helix(α螺旋)，E表示Extented(β折叠） 蛋白质序列分析 蛋白质二级结构预测实例1 第五十五页，共69页。 使用PORTER服务器预测HCV E蛋白质二级结构 由于膜蛋白难以纯化, 丙型肝炎病毒膜蛋白的三维至今未知, 预测其膜蛋白的二级结构有利于三级结构的模建和功能研究 本例使用丙型肝炎病毒中国湖北株(GI: 149389442) Email接收的预测结果: 双行显示,上行为目的序列,下