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第 PAGE \* Arabic 1 页/ 共 NUMPAGES \* Arabic 6 页 《生物信息学》课程教学大纲 课程名称：生物信息学???????????????? 课程类别：专业主干课 适用专业：生物技术?????????????????? 考核方式：考查????????? 总学时、学分：? 32 学时 2 学分 ?????其中实验学时：?? 0?? 学时 一、课程教学目的 生物学与信息科学是当今世界上发展最迅速、影响最大的两门科学。而这两门科学的交叉融合形成了广义的生物信息学，正以崭新的理念吸引着科学家的注意。生物信息学(Bioinformatics)是生命科学领域中的新兴学科，面对人类基因组计划所产生的庞大的分子生物学信息，生物信息学的重要性将越来越突出，它无疑将会为生命科学的研究带来革命性的变革。 它是综合利用生物学、数学、物理学、信息科学以及计算机科学等诸多学科的理论方法的一门新兴的交叉边缘学科，它应用计算机技术和信息科学的理论、方法和技术，采集、储存、传递、检索、分析和和利用生物分子（包括蛋白质和核酸等）数据，以帮助人们解各种生物信息。生物信息学综合了生物学、计算机学、信息学、统计学等方面的知识，具有很强的学科交叉性、综合性和应用性，生物信息学已成为整个生命科学发展的重要组成部分，成为生命科学研究的前沿。 生物信息学是生物工程和生物技术专业的选修课程，适宜于已有生物化学和分子生物学基础的学生。通过学习，学生能够基本了解生物信息学的基础理论和相关概念，学会使用现有的常用生物计算软件和主要数据库，对以指数形式迅猛骤增的大量核酸和蛋白质序列所蕴藏的生命意义能够采用较新的信息学技术去分析和探索，初步具备用理论辅助和提高实验水平，如加强对分子生物学实验结果的预测与分析等的能力。本课程还能够加深学生对分子生物学和基因工程等其他相关课程的理解，并为进一步学习基因组学(genomics)和蛋白质组学(protemics) 奠定基础。 本课程以多媒体教学为主，课堂辅助答疑为辅；结合网上资源和课程软件，基本上实现学生不限时段的网上学习、在线交流等功能。 二、课程教学要求 1. 理论和知识方面 （1）掌握核酸和蛋白质序列分析的基本原理和常用方法，理解分子系统进化的理论，对生物大分子的结构和功能有进一步的了解； （2）熟悉常用生物信息学数据库和生物信息学数据资源，了解其内容、结构和检索方法； （3）了解基因组信息分析、基因表达数据分析和大分子结构预测等方面研究热点。 2. 能力、技能方面 （1）掌握常用生物信息学序列分析软件的使用和数据分析方法； （2）了解常用生物信息学数据库的检索方法； （3）熟悉一些生物信息学在线分析工具的功能。 三、先修课程 生物化学、遗传学、分子生物学、高等数学 四、课程教学重、难点1. 教学重点 从总体上讲，本课程的重点章节为：生物信息学的网络资源、序列比对、系统发育分析以及蛋白质序列分析。 2. 教学难点 从总体上讲，蛋白质序列分析这一章是本课程的难点，这一章除了要求学生有较强的生物化学和分子生物学的基础知识外，还要对整个蛋白质结构和功能预测的整个流程有一个整体的概念，而且在结构预测的方法上非常繁多，如何选择合适的预测方法和计算方法将是让学生非常头痛的问题，而且各种方法所得到的结果之间如何进行比较和评估也是一个难以解决的问题，因此在授课的过程中，首先要对蛋白质结构和功能预测的流程进行详细的解说，使学生有一个整体上的了解，然后分别介绍各种方法的算法和优缺点以及一些常用的评估指标，使学生有一个明确的目的，然后鼓励学生多上网进行蛋白质序列分析的实例分析，以加强对整个过程的了解。另外，本章还涉及到许多程序的使用，尤其是用来显示蛋白质三级结构的一些程序，这些程序之间不能互相转换，文件的格式不能同一，也是学生在学习过程碰到的一个难点。 五、课程教学方法与教学手段 课堂讲授，启发式教学，多媒体演示，并在网络教室进行实践。 六、课程教学内容 第一章　绪论　生物信息学引论和生物学基础及算法（2课时） 1．教学内容 （1）生物信息学的基本概念、研究对象和研究内容； （2）生物信息学的学科特点。 2．重、难点提示 重点： （1）生物信息学的基本概念、研究对象和研究内容； （2）生物信息学的学科特点。 难点：生物信息学的研究内容和算法。 第二章　生物信息学数据库概述（14课时） 1．教学内容 （1）数据库目录及分类； （2）nucleic acid database； （3）protein database； （4）structural database； （5）protein functional and interaction database； （6）functional protein dat