Python下科学计算包numpy和SciPy的安装.docxVIP

Python 下大多数工具包的安装都很简单，只需要执行 “python setup.py install”命令即可。然而，由于 SciPy 和 numpy 这两个科学计算包的依赖关系较多，安装过程较为复杂。网上教程较为混乱，而且照着做基本都不能用。在仔细研读各个包里的README 和 INSTALL 之后，终于安装成功。现记录如下。 系统环境： OS：RedHat5 Python 版本：Python2.7.3 gcc 版本：4.1.2 各个安装包版本： scipy-0.11.0 numpy-1.6.2 nose-1.2.1 lapack-3.4.2 atlas-3.10.0 依赖关系：scipy 的安装需要依赖于 numpy、lapack、atlas（后两者都是线性代数工具包， 不清楚的自行 google 之。。。），而 numpy 和 sci 的测试程序的运行又依赖于nose，因此， 整个安装过程必须要按顺序执行的，否则是无法执行下去的。 安装步骤： 1、安装 nose 这个安装比较简单，解压缩nose 的安装文件，进入nose 的目录，直接运行setup.py 即可： tar -zxvf nose-1.2.1.tar.gz cd nose-1.2.1 python setup.py install 2、安装 lapack 由于最新版本的 ATLAS 可以直接集成 lapack 的安装压缩文件进行编译，因此，如果仅在python 下使用的话，可以不用安装 lapack。只需要下载压缩文件：lapack-3.4.2.tgz 即可。3、安装 ATLAS 这个的安装主要是配置一些选项，包括配置成 64 位库文件、位置无关的以及共享的链接库。详细的配置说明在 atlas 安装包 doc/ 下的 pdf 文件中。可查阅。 下面是我的安装过程： tar -jxvf atlas3.10.0.tar.bz2 cd ATLAS mkdir obj64 ../configure -b 64 -Fa alg -fPIC -shared --prefix=/配置 atlas 的安装路径/atlas --with-netlib-lapack-tarfile=/lapack 安装压缩文件存放的目录/lapack-3.4.2.tgz (注：这个配置时间非常长，在Core i7 处理上，大概 1 个小时左右) make （下面是一些检查过程，保证没有问题之后再进行安装） make check make time make install 至此，atlas 安装完成。不过我们要记录下编译过程中所用的fortran 编译器类型，这个信息 在下面安装 numpy 和 scipy 的时候要用。还是在目录 obj64/ 下，执行 fgrep F77 = Make.inc 可以看到 F77 = gfortran 记下这个编译器类型 gfortran. 4、安装 numpy numpy 和 scipy 的安装过程都要显式的指明所用fortran 编译器的类型，而且要与前面编译atlas 时一致（在本文中即：gfortran），这一点非常重要，否则很多功能都会出错。 首先配置 numpy 目录下的 site.cfg 文件，指明 atlas 库的位置： tar -zxvf numpy-1.6.2.tar.gz cd numpy-1.6.2 cp site.cfg.example site.cfg vim site.cfg 配置成如下格式： [DEFAULT] library_dirs = /usr/local/lib:/atlas 的 安 装 目 录 /atlas/lib include_dirs = /usr/local/include:/atlas 的安装目录/include [blas_opt] libraries = f77blas, cblas, atlas [lapack_opt] libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas [amd] amd_libs = amd [umfpack] umfpack_libs = umfpack 接下来配置安装 numpy 所需要的 Fortran 编译器类型： 如果前面得到的 Fortran 编译器是 gfortran 的话，执行： pythonsetup.py build --fcompiler=gnu95 如果前面得到的 Fortran 编译器是 g77 的话，执行： python setup.py build --fcompiler=gnu 然后执行 python setup.py install 安装完成 5、安装 scipy 与安装 numpy 类似： tar -zxvf s