分子对接与分子动力学模拟教材.pptVIP

分子对接与全局最优化方法 * . 分子对接 配体－受体的相互作用 结合自由能的理论计算 优化方法 * . 配体与受体的相互作用 生理过程与其有关 生物大分子与大分子之间 小分子与生物大分子之间 蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间 * . 结合自由能的理论计算 静电相互作用 氢键相互作用 范德华相互作用 疏水作用 * . 结合自由能的理论计算 几何形状互补 静电相互作用互补 氢键作用互补 疏水作用互补 * . 几种计算方法 分子动力学 自由能微扰方法(FEP) 经验计算方法 * . 自由能的经验计算方法(Autodock) * . 自由能的经验计算方法(Autodock) * . 网格能量(Grid Map) 近似计算 利用计算好的参数 三线性插值 * . 现在的问题和今后的方向 溶剂化效应、水分子、柔性问题 精确的计算和计算时间的问题 表面计算 数据库 * . Autodock的处理 Pdb文件的准备/pdb/ 小分子的准备 * . 分子处理 文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq 优缺点 各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等 * . babel 转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。 使用方法：babel –ipdb 文件名 [-h/-d] -omol2 文件名 Wendows界面babelwin * . Chemoffice 画小分子的三维结构(由分子式转化) 计算其最小能量构形 用PM3或者AM1计算原子电荷或者其他参数 * . 处理蛋白质程序weblab viewer 显示格式 加氢减氢 氨基酸显示 去水 除去小分子 * . 显示格式 * . 加氢减氢 利用play script SetProperty Atom element=Oxygen :select=on SetProperty Atom element=Sulfur :select=on SetProperty Atom element=Nitrogen :select=on Hydrogens Add * . 多种显示模式 New Hierarchy Window New Data Window * . 去水 * . 除去小分子 * . 全局优化方法 SA GA-NGA Tabu-Search * . Tabu-Search * . 新的发展 Reactive Tabu Search Enhanced Continuous Tabu Search Continuous Reactive Tabu Search * . 缺点 初始解具有较强的依赖性 单-单操作 * .