分子生物学检验：蛋白质组学（Proteomics）.pptVIP

（三）蛋白质分子结构分析 1. 实际测定具体蛋白质的三维结构：X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、多维核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）。 X-射线单晶衍射分析：最成熟和最有力的方法。局限性：晶体 2. 通过氨基酸序列知识去辨识和推引出其决定的三维结构 （1）用分子力学、分子动力学的方法，根据理化的基本原理，从理论上计算蛋白质分子的空间结构。 （2）通过对已知空间结构的蛋白质进行分析，找出一级结构与空间结构的关系，总结出规律，用于新蛋白质空间结构的预测。 （四）研究蛋白质胞内分布及移位的方法 1. 研究蛋白质组的高通量方法。分别收集细胞不同区域内蛋白质，然后进行2-D电泳和蛋白质鉴定。 2. 将胞内特定蛋白质进行荧光标记，然后在荧光显微镜下进行观察蛋白质移位。 （五）蛋白质—核酸相互作用的研究 （1）凝胶滞后实验（gel retardation） （2）DNA ase I 足纹分析（ DNA ase I footprinting） （3）核酸—蛋白质杂交实验 凝胶滞后实验（gel retardation） 凝胶滞后实验（gel retardation） DNA ase I 足纹分析（ DNA ase I footprinting） 核酸—蛋白质杂交实验（southwestern blot） （五）蛋白质之间的相互作用 蛋白质相互作用的基本形式 （1）分子和亚基的聚合 （2）蛋白分子杂交 （3）分子识别 （4）分子自我装备 （5）多酶聚合体 蛋白质相互作用的检测方法 生化方法●共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析 ●蛋白质亲和色谱??基本原理是将一种蛋白质固定于某种基质上（如Sepharose），当细胞抽提液经过改基质时，可与改固定蛋白相互作用的配体蛋白被吸附，而没有吸附的非目标蛋白则随洗脱液流出。被吸附的蛋白可以通过改变洗脱液或者洗脱条件而回收下来 2.免疫的方法 免疫共沉淀（COIP） 3. 酵母双杂交系统 优点： （1）蛋白质不必纯化 （2）在活体内进行，能真实模拟在体的情况 （3）可以检测短暂或者微弱的相互作用 （4）可以用于分析不同功能的蛋白 缺点： （1）定位于核内 （2）假阳性 （3）需要进一步确证 五、蛋白质组学研究的应用 1. 用于寻找疾病相关的蛋白质：标志物。 2. 用于微生物蛋白组研究，彻底阐明病原微生物的致病机 理并寻找全新的药物作用靶点。 3. 蛋白质组数据库将成为药物设计的路标。 4. 对不同生物的蛋白质组进行比较性研究，可以对生物进 化途径提供参考，对多细胞生物的起源提供线索。 5. 追踪胞内信号分子的移位，阐明目标蛋白质在信号转导 途径中的位置。 Screen the differentially expressed proteins 2-D Electrophoresis Screen the differentially expressed protein spots protein extract Collect specimens cancer NCM Biomarker for diagnosis treatment and prognosis MS( ESI-MS-MS) identification Unknown known verification 六、蛋白质组学研究中的困难 1. 2-D电泳胶上的点只是细胞蛋白质中的一小部 分，大部分不能被显示。 2. 2-D胶上显示的蛋白质有偏向性。 3. 难溶于水或分子量大于18万的蛋白质难于在 2-D胶上显示。 4. 质谱技术虽有较高的灵敏度，但对来自2-D胶 上的许多低丰度的蛋白质仍不能鉴定。 蛋白质组学（Proteomics） Which is the origin of life？ 一、背景 二、基本概念（掌握） 三、特点 四、内容和技术 五、应用 ——omics？ 一、产生背景 1. 20世纪中后期，生命科学研究进入了分子生物学时代。 2. 随着人类基因组全序列测定，但基因本身不足以解读复杂的生命现象。生命科学跨入了后基因组时代。 基因组研究是静态研究，序列信息并不能告诉人们哪些基因在何时何地以何种程度表达，而生命的精确机制很大程度上正是基于这类基因的精确调控。 mRNA丰度与蛋白质丰度的相关性差。 mRNA自身存在贮存、转运、降解、翻译调控及产物的翻译后加工，难以准确地反映基因的最终产物基因功能的真正执行体——蛋白质的质与量。 蛋白质存在复杂的翻译后修饰（磷酸化、糖基化、乙酰化）。 蛋白质的亚细胞定位或迁移、蛋白质－蛋白质相互作用等也无法从mRNA水平来判断 DNA mRNA Protein