第七章生物信息学.pptVIP

Public free Available via Internet 三大基因数据库之间的关系 Nucleotide Sequence Database (entry)－2005.6.15 完整序列 软件和数据库 蛋白质信息资源数据库（PIR） 主要提供按同源性和分类学组织的综合性、非冗余数据库 PIR由美国华盛顿的国家医学研究基金会支持，德国马普学会的慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护。 PIR通过提供蛋白质序列数据库、衍生的相关数据库及相应的软件而支持有关分子进化、功能基因组学和计算生物学方面的研究， 软件和数据库 蛋白质结构数据库( PDB) 由美国自然科学基金会、能源部和国立卫生研究院共同投资建立 主要由X-射线晶体衍射和核磁共振(NMR)测得的生物大分子三维结构组成 用户可直接查询、调用和观察库中所收录的任何大分子三维结构 软件和数据库 PBD数据的增长 软件和数据库 2.软件 序列对比和数据库搜索软件BLAST, FASTA, BLITZ等 生物大分子可视化软件有Rasmol, Mage, Raster3d, Grasp等 与蛋白质结构有关的程序有Procheck, WHATIF, DSSP等 大型分子生物学软件包如GCG. 在基因识别著名软件GRAIL、GeneID、GeneMark等 蛋白质二级结构预测程序PHD 软件和数据库 ? ? ? ? 揭开生命奥秘的新兴交叉学科第七章 生物信息学 内 容 生物信息学概念 生物信息学的内容 生物信息学的研究方法和技术 生物信息学软件和数据库 一、生物信息学的概念（p199） 生物信息学是用数理和信息科学的观点、理论和方法，以计算机为工具对生物信息进行收集、加工、储存、传播、检索和分析的科学。 研究材料和结果是各种各样的生物学数据 人基因组海量信息 23对=46条染色体 30亿碱基对(base pairs) 3～5万个基因?基因组学 3万种以上蛋白质 ?蛋白质组学 基因表达、作用、调控网络 已经或即将完成的生物全基因组 几百种原核生物 酵母菌 拟南芥 (1-2亿bp） 水稻 人类 (32亿bp) 小鼠 大鼠 猪 鸡…..等 生物信息学的概念 后基因组时代的到来 人类首次了解了自身的基因序列，了解了很多远亲生物的基因序列 正在面对指数扩增的基因序列和各种数据库 面临如何将基因序列资料转变为有用的知识，进而服务于人类，造福人类健康的挑战 人类功能基因组学必须多学科协作 生物信息学技术 生物芯片技术 蛋白质组学技术 高通量细胞筛选技术等 生物信息学是人类功能基因组学研究的必要工具 实验 生物学 计算 生物学 理论 生物学 生物信息的开发和应用 以核酸蛋白质等生物大分子为主要研究对象 以信息、数理、计算机科学为主要研究手段 以计算机网络为主要研究环境 以计算机软件为主要研究工具 对序列数据进行存储、管理、注释、加工 对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析 构建各种类型的专用数据库信息系统 研究开发面向生物学家的新一代计算机软件 生物信息学的概念  计算机学、计算机网络 医学 生物学、 分子生物学 生物信息学 数学、 统计学 生物信息学和其它学科的关系 生物信息学是一门边缘学科，它位于生物、医学、计算机、数学等多个领域的交叉点上 生物信息学的概念 蛋白质组学和 结构基因组学 高通量药物筛选 药物设计和小分子设计 创新药物和新剂型 生物芯片 计算机辅助药物筛选 高通量虚拟筛选方法 分子数据库，组合化学化合物库,靶标生物大分子的功能分析... 蛋白质－蛋白质相互 作用识别，信号传导系统、代谢途径的分子模拟... 图像处理、聚类分析、表达谱和调控网络分析... 基因组信息 … 生物信息技术 计算机辅助先导化合物设计、药物设计 二、生物信息学的内容（p200） 1.基因与基因组分析 可读框预测和基因标注 序列拼接 与组装 结果上传到数据库 碱基读取 载体标识与去除 测序仪中原始数据的采样与分析 大规模基因序列测定 生物信息学的内容 基因预测 DNA序列中编码区的鉴定 预测方法的依据: 编码统计学：编码区序列同非编码区序列相比，有不同的特点，存在一些非随机的特点 GC 含量 密码子偏倚性 (CODON FREQUENCY) 第三个碱基组成 基因结构/统计学方法 比较/同源性 生物信息学的内容 原核生物基因结构 编码区 启动子 转录起始位点 非翻译区 转录区 起始密码子 终止密码子 5’ 3’ 转录终止位点 RBS 生物信息学的内容 5’ 启动子 转录起始位点 非翻译区