基于双重芯片式数字PCR_快速鉴定KPC_型碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的方法.docxVIP

微生物学通报 Microbiology China /wswxtbcn Jul. 20, 2023, 50(7): 3058?3072 DOI: 10.13344/j.microbiol.china.220935 Copyright ?2023 Microbiology China All Rights Reserved 简 简 报 基于双重芯片式数字 PCR 快速鉴定 KPC 型碳青 霉烯耐药肺炎克雷伯菌的方法 台萃* ，张薇，许杰，欧一新，罗倩 上海交通大学生命科学技术学院 微生物代谢国家重点实验室，上海 200240 台萃 台萃, 张薇, 许杰, 欧一新, 罗倩. 基于双重芯片式数字 PCR 快速鉴定 KPC 型碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的方法[J]. 微生 物学通报, 2023, 50(7): 3058-3072. TAI Cui, ZHANG Wei, XU Jie, OU Yixin, LUO Qian. Simultaneous rapid identification of blaKPC-coding carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae by duplex chip digital PCR[J]. Microbiology China, 2023, 50(7): 3058-3072. 摘 要：【背景】由于碳青霉烯类药物的泛用和滥用， 致使肺炎克雷伯菌碳青霉烯耐药株与日俱增， 产碳青霉烯酶是肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类药物耐药的主要原因。目前对肺炎克雷伯菌碳青霉烯 耐药株的检测方法存在费时费力、特异性差、灵敏度低等问题。 【目的】建立一种能同时检测肺炎 克雷伯菌和碳青霉烯酶基因 blaKPC 的双重芯片式数字 PCR 方法。【方法】依据肺炎克雷伯菌的特 有基因yhaI 和碳青霉烯耐药基因 blaKPC 保守序列设计特异性引物和探针，确定双重芯片式数字 PCR 同时对 yhaI 和 blaKPC 两个基因核酸浓度绝对定量的检测范围、 检出限和最佳实验体系，并进行方 法特异性、灵敏度、重复性分析及临床菌株的检测。 【结果】双重芯片式数字 PCR 检测灵敏度比 双重实时荧光定量 PCR 提高了约 1.5 个数量级，在两基因同时检出的情况下，最低检出限分别为 3.74 copies/μL (yhaI 基因)和 1.93 copies/μL (blaKPC 基因)； 优化后的双重芯片式数字 PCR 对参考菌 株检测特异性的结果与双重实时荧光定量 PCR 结果一致；利用优化后的双重芯片式数字 PCR 方法 共检测 58 株临床菌株， 其中肺炎克雷伯菌 43 株， 属肺炎克雷伯菌且含有 blaKPC 基因的菌株 13 株， 这与质谱及耐药谱检测结果一致。 【结论】利用双重芯片式数字 PCR 技术建立了产 KPC 型碳青霉 烯酶肺炎克雷伯菌的绝对定量检测方法。该方法特异性强、灵敏度高、准确度好，可用于检测具 有碳青霉烯酶基因 blaKPC 的肺炎克雷伯菌的核酸检测和定量分析，也为产其他类型碳青霉烯酶的 病原菌检测提供了新的技术参考。 关键词： 肺炎克雷伯菌；碳青霉烯酶基因 blaKPC ；双重芯片式数字 PCR；绝对定量；病原菌检测 资助项目： 国家重点研发计划(2018YFE0102400)；上海交通大学决策咨询课题 This work was supported by the National Key Research and Development Program of China (2018YFE0102400) and the Decision-making Consultation Project of Shanghai Jiao Tong University. *Corresponding author. E-mail: ctai@ Received: 2022-09-26; Accepted: 2022-10-09; Published online: 2022-11-25 台萃等: 基于双重芯片式数字 PCR 快速鉴定 KPC 型碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的方法 3059 Simultaneous rapid identification of blaKPC-coding carbapenemase- producing Klebsiella pneumoniae by duplex chip digital PCR * TAI Cui , ZHANG Wei, XU Jie, OU Yixin, LUO Qian School of Life