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第八章 蛋白质构造与功能预测 第1页 DNA sequence Protein sequence Protein structure Protein function 第2页 第一节 介绍 生物信息学一种基本观点是：分子构造决定分子性质和分子功能。 生物大分子蛋白质空间构造决定蛋白质生物学功能。不过，蛋白质空间构造又是由什么决定呢？ 一级构造 如何决定？ 1 第3页 蛋白质初级构造指是20种氨基酸有序排列 2 主链 侧链 由于R差异，氨基酸具有不一样构象和性质 第4页 氨基酸大小 较小侧链残基 或较大侧链残基都使蛋白质构造不稳定 极性 主链、侧链、溶剂分子两两之间形成氢键 疏水性 在蛋白质折叠和构造稳定中起主要作用！ 带电荷（D E K R） 能够形成盐键或离子键 第5页 MAEFVRAQIFGTTFEITSRYTDLQPVGMGAFGAVAVKKIMKPFSTPVLSKRTYRELKLLKHLRPLEDIYFVTELLGTDLHRLLTSRPLEKQFIQYFHSAGVVHRDLKPSNILVNENCDLKICDFGLARYYRAPEIMLTWQKYDVEVDIWSAGCIFAEMLEG ? 第6页 第二节 蛋白质二级构造预测 第7页 蛋白质二级构造是指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成构象，由氢键维系。 主要分为α螺旋、β折叠、β转角及无规卷曲等类型。 一、蛋白质二级构造类型和特性 第8页 α螺旋(αhelix)构造特性为： 主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋； 螺旋每上升一圈是3.6个氨基酸残基，螺距为0.54nm； 相邻螺旋圈之间形成许多氢键； 侧链基团位于螺旋外侧。 人细胞珠蛋白(2DC3.pdb)第121到140位残基 对应a-螺旋侧面和顶部(N端)视图 第9页 β折叠示意图 b,c.人pi型谷胱甘肽-S-转硫酶中单个亚基中连续主链部分β折叠，可见转角(turn)；d. 人信号传递蛋白一种亚基中部分β折叠构造顶部视图，可见到大环区。 β折叠(βsheets) 构造特性为： 若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片； 所有肽键C=O和N—H形成链间氢键； 侧链基团分别交替位于片层上、下方。 第10页 β转角构造特性为： 多肽链180°回折部分，一般由四个氨基酸残基组成，借1、4残基之间形成氢键维系。 β转角及其连接β折叠链和α螺旋 a. 人谷胱甘肽-S-转硫酶pi第56到59位残基β转角连接了来自相同主链两段β折叠链，β转角区域内第一种Aspα羰基氧与其后第三位α氨基成氢键； b. 来自人细胞珠蛋白两段α螺旋由β转角连接。 第11页 无规卷曲构造特性为： 无规卷曲特点为在主链骨架上无规则盘绕，其构象状态仍遵循物理化学原理，但波动性较大，对温度变化敏感； 试验测定三级构造时往往无法识别无规卷曲(缺失其座标)，虽然有座标则其温度因子也较高。无规卷曲同Ω环辨别主要是其长度和其形状波动性。 第12页 蛋白质二级构造预测根据是： 每一段相邻氨基酸序列都有形成特定二级构造倾向 蛋白质二级构造预测问题是模式分类问题 判断每一段中心氨基酸残疾是否处于α螺旋、β折叠、β转角之一状态 第13页 二基于统计和机器学习办法进行预测 Chou-Fasman算法 GOR算法 多序列列线预测 基于神经网络序列预测 基于已有知识预测办法 （knowledge based method） 混合办法（hybrid system method） 二、蛋白质二级构造分析办法 第14页 三、二级构造预测有关软件 许多蛋白质二级构造预测程序能够从因特网上无偿下载至本地计算机进行蛋白二级构造预测，也能够进行在线计算。 工具 网站 备注 HNN http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_nn.html 基于神经网络分析工具，含序列到构造过程和构造到构造处理 Jpred pbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/submit.html 基于Jnet神经网络分析程序，并采取PSI-BLAST来构建序列Profile进行预测，对于序列较短、构造单一蛋白预测较好 nnPredict /~nomi/nnpredict.html 预测蛋白质序列中潜在亮氨酸拉链构造和卷曲螺旋 SOPMA http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html 能够比较多种分析措施得到成果，也可输出 “一致性成果” SSPRED http://coot.embl.de/~fmilpetz/SSPRED/sspred.html 基于数据库搜索相同蛋白并构建多重序列比对 第15页 人基质金属蛋白酶MMP14(M