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基于ssr技术的果遗传关系分析 纹理果树是黄连科的一种多年生树木。目前世界上约有1000种水果，中国约有200种水果和系统优势。杧果具有丰富的遗传多样性,果实的大小、形状、色泽、纤维多少、核大小等是区别杧果品种的主要依据,但杧果的品种、品系很多,过去多用实生苗繁殖,产生了许多自然杂交种,新的品种又不断地被人工培育出来,由于存在饰变和观察标准不同,依据植物学性状难以对杧果资源进行准确分类,导致同物异名、同名异物和资源重复保存等现象严重。 近几年人们对分子标记应用于杧果种质资源方面的研究开始了有益的探索。国内外有关研究者陆续报道了应用AFLP、RAPD、ISSR[10~14]标记进行杧果品种鉴别及种质资源的遗传分析。但有关SSR标记开发应用的报道甚少[15~17],且至今尚未见SSR分子标记应用于我国杧果遗传多样性分析、分类鉴定等方面的报道。本研究利用14个杧果SSR基因座,分析了48份广西杧果品种(系)的亲缘关系及遗传多样性,以期为杧果种质资源研究利用提供参考。 1 材料和方法 1.1 种质资源采集 供试样品来自中国广西亚热带作物研究所杧果种质资源圃。选取田间生长健壮、无病虫危害植株的幼嫩叶片,于-80℃保存备用。具体实验材料见表1。 1.3 树状的聚类分析 e)、杂合度观测值(Ho)和期望值(He)。参照Botstein等计算多态信息含量(polymorphism information content,PIC): 根据遗传距离用UPGMA(Unweight Pair-group Method using Arithemetic Averages)方法进行聚类分析,并绘制树状图。计算简单匹配系数进行聚类分析应用NTSYS-pc 2.01软件完成。 2 结果与分析 2.1 引物扩增图谱和多态基因信息 本研究中,首先用象牙杧26号和红象牙杧2个品种进行引物筛选,除LMMA6不能扩增出条带外,其余座位均能稳定重复地扩增出相应产物。用筛选出的15个SSR基因座对48个杧果品种(系)进一步扩增,在每一供试品种(系)中都能稳定重复地扩增出1或2条带。15个基因座中,除LMMA12扩出的等位基因数为1外,其余位点在所有供试材料中都扩增出2个以上等位基因。在14个基因座位中共检测出63个等位基因,等位基因数目在3~6之间,平均为4.50,其中LMMA10和LMMA16检测出6个等位基因,等位基因数目最多;LMMA8和LMMA14检测出3个等位基因,等位基因数目最少(见表2)。图1所示为引物LMMA4在48个芒果品种(系)上的扩增图谱。 根据对48个杧果品种(系)在14个微卫星基因座上的等位基因频率统计结果,计算了各基因座的多态信息含量、有效等位基因数、杂合度。从表2可见,14个微卫星基因座的有效等位基因数为1.26~3.81,平均有效等位基因数为2.66,其中LMMA11最大,LMMA5最小。除基因座LMMA5(0.192 9)、LMMA4(0.439 3)和LMMA8(0.410 9)的PIC值较低外,其余11个微卫星基因座的PIC值均在0.5以上,PIC值变化范围为0.192 9~0.686 3,平均为0.533 7;其中LMMA11最大,而LMMA5最小。多态信息含量和有效等位基因数的大小顺序具有一致性。由此可见,14个微卫星基因座中,LMMA11具有较大的遗传变异,LMMA5具有较小的遗传变异。另外,从表2还可以看出,观测杂合度(Ho)的变化范围为0.229 2~0.666 7,平均为0.424 1;期望杂合度(He)的变化范围为0.209 2~0.737 3,平均为0.594 3。 2.2 广西品种群落组成 根据48个杧果品种(系)在14个SSR基因座上的扩增结果来看,尽管每个位点产生的条带各不相同,仅发现专属于2个品种的特有带,通过一对引物只能区分其中的1~2个品种,如LMMA5可将桂热杧06-5号与其余样品区分,LMMA7可将象牙杧22号和桂热杧06-5号与其余样品区分,LMMA10可区分Kensington Pride,LMMA13可区分桂热杧80-17号,LMMA15可区分桂热杧172号。但采用两对或更多引物就能实现对一些品种的鉴定。品种间的相似系数在0.455 9~0.941 2之间,平均为0.705 3,以桂热杧06-3号与桂热杧06-5号两者之间的相似系数最小,而Keitt与红凯特杧及玉文杧与蜜桃杧之间相似系数最大。 由图2可知,在遗传相似系数为0.66处,48个品种(系)可分为5大类群:第Ⅰ类群共2个品种(系),即桂热杧06-1号和桂热杧278号,是广西本地农家品种(系)。第Ⅱ类群共9个品种(系),为青皮杧、桂热杧06-2号、桂热象牙2号、桂热杧172号、黄象牙杧、红象牙杧、Earlygold、桂热杧06-3号和象