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计算机辅助药物设计在中药研发中的应用 多年来，人们一直致力于阐明中药的物质基础和作用机制，但由于中药成分及其人体吸收、代谢和药物的复杂性，仍然难以提供与中药作用相关的现代科学基础。阐明中药复方的化学成分以及多靶点效应机制,是突破中药研发现状的关键之一。运用传统中医药理论、结合现代科学技术进行中药研发,是我国当前中药产业的发展之路,也是新药研究的有效途径。 计算机辅助药物设计(CADD)是连接传统中药和现代科学的重要纽带,其中分子对接(DOCK)、相似性搜索、药效团搜索、类药性筛选及毒性预测等技术,对中药复方研究均有很好的促进作用。随着人类基因组计划的完成,CADD得到了迅猛发展,特别是组合化学技术和生命科学研究的深入,其在先导化合物发现和优化中的作用显得越加重要。许多著名制药公司应用CADD技术进行新药研发,如英国葛兰素威康(Glaxo Wellcome)公司以美西麦角为先导化合物成功开发了偏头痛治疗药物佐米曲坦(zolmitriptan,Zomig)。CADD不仅能降低药物开发的投资,节省有限的资源,减少盲目的浪费,还可以大大缩短药物开发周期。本文主要探讨CADD在药物研究,特别是在药物作用靶点的发现与验证及中药现代化中的应用及其前景。 1 优化活性成分的筛选 有的放矢地进行药物设计,最理想的是阐明药物作用的靶点。CADD基于化合物数据库、蛋白质三维结构数据库及代谢库等,运用DOCK、分子模拟、配体-受体自由能预测、二维和三维的定量构效关系以及药效团模型等方法,获得药物分子和蛋白质作用的结构信息,分析潜在的药物作用靶点,以计算机虚拟筛选有效预测和发现活性化合物。 计算机虚拟筛选包括基于受体结构的筛选方法即DOCK和基于配体结构的筛选方法即药效团搜索。通常采用DOCK和反向分子对接(INVDOCK)方法分别开展全新药物设计和潜在药物作用靶点的发现,前者基于疾病发生发展过程中的关键靶分子,后者基于已知活性小分子的结构;前者适于从中医验方活性成分群中筛选先导化合物,后者适合于开展中药验方中有效活性成分靶分子的筛选。虚拟筛选是CADD应用最为成功的一项技术,这项工作的基础是必须具备化合物数据库。 已证明在生物系统过程探测中有机小分子是非常重要的工具。近年来,国内外开始尝试中药活性化合物的搜寻,并开发出重要的中药化合物数据库,例如中药化学数据库(TCMD)和中国天然产物数据库(CNPD)。针对某特定药物作用靶标,通过虚拟筛选,在中药、天然产物以及化学合成商品化合物数据库中搜寻,找到该靶标的特异作用的化合物,其中已有不少成功的实例。 2 小分子化合物环境法检测目标靶点 中药提取得到的新化合物药理活性确证是一件复杂的事情。西藏自治区高原生物研究所从藏药紫金标中分离出23种化合物,其中蓝雪醌和蓝雪酸为主要成分,前者对急性早幼粒细胞白血病(APL)有效;后者具有镇咳、祛痰和抑菌等作用。中科院上海药物研究所开发的INVDOCK技术,以小分子化合物为对象,从已构建的蛋白质结构数据库中搜索与该分子匹配的靶蛋白。运用该技术,成功地找到了蓝雪醌的潜在作用靶分子烷烃过氧化氢还原酶(AhpC),初步推测蓝雪醌可作为AhpC抑制剂发挥抗幽门螺杆菌和抗肿瘤活性。 灵芝三萜类化合物是灵芝抗肿瘤作用的重要物质基础,其包括灵芝酸A、B、C、D和F等。其中灵芝酸D(GAD)通过诱导G2/M期细胞周期阻滞和细胞凋亡发挥抗肿瘤活性,从而抑制多种肿瘤细胞的生长。果德安教授领导的研究小组采用蛋白质双向电泳和质谱技术,分析GAD处理前后细胞的蛋白质差异表达谱和鉴定差异表达蛋白,经蛋白免疫印迹检测,发现并验证了21个差异表达蛋白质;再利用INVDOCK方法分析并预测其中可能直接作用的靶点;最后,利用表面等离子体共振生物传感器分析技术验证了GAD和14-3-3 zeta蛋白能够直接结合,并建立了与GAD相关的蛋白质靶点的作用网络论。 3 中药复方药化学成分的相关研究 中药现代化是指运用现代科学技术,研制、开发现代中药,即能用现代科学技术阐明其药效和作用机制(现代化),能进行大规模生产(产业化),并能为国际市场接受、有国际竞争力的中药制剂(国际化)。中药复方是一个复杂的分子体系,其特点为多靶酶、多靶点及多组分作用,机制非常复杂。有必要开展中药药效成分多维、多模式、新技术、新方法的系统研究;开展中药复方药效成分的主要组成、结构、构象与药理活性的相关研究:开展中药复杂体系中化学成分和复合体的组成、结构、构象、形态及过程变化等各种化学信息及其与药效、活性的关系研究。而CADD是进行中药现代化研究的行之有效的方法,通过了解复方相关组分的信息,采用计算机模拟筛选方法探讨其可能的作用机制,再利用实验加以验证,将极大减少人力、物力的投入,方便实验进程的实施,快捷地达到实验目的。 3.1 中药有效