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rna介导的dna甲基化作用rddm作用机制研究进展 二甲基化合物是中医学的主要表观遗传形态，是调整中医学功能的重要手段。它是在DNA甲基转移酶(DNA Methyltransferase,DMT)的作用下,以S_腺苷甲硫氨酸为甲基供体,将甲基转移到DNA分子的胞嘧啶碱基上进行DNA修饰的过程,是造成植物转基因沉默的主要原因之一。植物DNA甲基化引起外源基因失活的现象十分类似于细菌的限制修饰系统,这一防御机制可以有效地识别出导入的外源DNA序列。 1998年,Fire在线虫中发现双链RNA能特异性显著抑制特定基因的表达,并首次将该现象称为RNA干扰(RNA interference,RNAi)。随后的一系列研究表明,RNAi现象在植物和真菌等真核生物中普遍存在,分别称为转录后水平的基因沉默(Post_Transcriptional Gene Silencing,PTGS)和基因压制(quelling),这类现象在各种生物中虽然名称各不相同,但本质上都是由于同源核酸序列相互作用导致的基因表达在转录后水平上的抑制。 随着RNAi现象研究的深入,在植物中发现,由双链RNA(double_strand RNA,dsRNA)产生的21-25nt的小干扰RNA(short interfering RNA,siRNA)不仅可以介导转录后水平的基因沉默;而且可以介导转录水平的基因沉默(Transcriptional Gene Silencing,TGS),这就涉及到RNA介导的基因组的表观修饰现象,包括发生在DNA上的胞嘧啶的甲基化、组蛋白的甲基化和去乙酰化等,人们很自然的将RNAi导致的基因失活与DNA甲基化修饰联系起来。已经在多种生物中观察到RNA介导的异染色质的形成,其中最常见的是组蛋白H3第九位的赖氨酸的甲基化(H3K9Me);而RNA介导的DNA甲基化(RNA_directed DNA Methylation,RdDM)是基因组表观修饰改变的重要形式。 到目前为止,植物中PTGS机理已经研究的较为清楚。植物中存在的特异性类RNaseⅢ核酸酶DCL(Dicer Like)将dsRNA切割成21-25nt的siRNA,siRNA再与具有核酸酶等酶活性的RNA诱导的基因沉默复合物(RNA induced silencing complex,RISC)结合,形成核蛋白体,进而识别与siRNA反义链互补的mRNA,并导致mRNA的降解,因而抑制了相关基因的表达。本文主要就RNA介导的植物DNA甲基化机理的研究进行综述。 1 植物界virtravi及rnai的基因表达 类病毒是一类可以自主复制的RNA分子。1994年,Wassenegger等人将类病毒cDNA序列通过农杆菌介导的叶圆盘转化法导入烟草基因组中,当类病毒再次感染烟草并进行复制的时候,烟草基因组中与病毒RNA同源的cDNA序列发生了甲基化,而cDNA序列两侧的T_DNA序列和烟草基因组DNA并没有被甲基化,表明具有复杂的核酸二级结构的类病毒复制中间体可以使同源的cDNA甲基化,这是首次在植物中发现的RdDM现象。 RdDM是依赖于RNA的DNA甲基化作用,与目前我们所研究的RNAi机理有本质的区别。但在拟南芥中,RdDM的发生依赖于RNAi途径中相似的酶,如DCL3、RNA依赖的RNA聚合酶2(RNA_dependent RNA polymerase 2,RdR2)、SDE4(Silencing Defective 4,现为Pol IV的大亚基,称为RPD1)和AGO4 (Argonaute 4),这些与RNAi有关的酶的缺失都可以影响RdDM的发生。进一步研究发现,RdDM与RNAi依赖于相似的诱发因子siRNA,两者的不同之处在于,RdDM的发生依赖于24-25nt的siRNA的存在,这类siRNA在细胞质或细胞核内经过特定的DCL加工dsRNA而产生,并进入到细胞核内起作用,是植物所特有的。而植物RNAi途径中的沉默诱发因子是21-22nt长度的siRNA,由细胞核或者细胞质内特定的DCL加工dsRNA而产生,其发生作用的部位是细胞质。 在植物中,siRNA介导的DNA甲基化作用既可以发生在转录水平,又可以发生在转录后水平。转录水平的沉默(TGS)往往和启动子的甲基化有关,而转录后水平的沉默(PTGS)则牵涉到编码区的甲基化。Jones认为当与外源RNA同源互补的DNA区域是编码区的时候,可以引发PTGS,同时编码区的DNA被甲基化,在这个过程中RNA的转录水平下降,可能是由于PTGS可以延伸至同源区域边缘的区域,进而影响病毒的复制;当与RNA同源互补的DNA区域是启动子区的时候,可以引发启动子区DNA的甲基化,在转录水平抑制基因的沉默,由于甲基化区域仅限于互补配对区,所以病