感染学科病原体基因检测项目介绍.pptxVIP

感染学科病原体相关基因检测项目介绍|目录|010203迪安“图文”结合的宏基因产品宏基因报告单解读分枝杆菌鉴定及耐药检测mNGS+涂片整合报告，行业首家！整合的mNGS报告——区分定植与感染病原BALF六铵银染色，可见耶氏肺孢子菌；结合宏基因报告可明确耶氏肺孢子菌感染。整合的mNGS报告——更加直观、形象锁定感染病原肺泡灌洗液样本，涂片见白细胞吞噬革兰阳性链球菌；直观形象的感染证据整合的mNGS报告——低序列致病菌（丝状真菌）判断Balf，GM1.06阳性整合的mNGS报告——污染or不合格样本判读痰液不合格样本，镜下许多上皮细胞无白细胞，鲍曼肺克的临床价值？整合的mNGS报告——特殊细胞的提示作用心包积液，革兰染色，疑似转移癌细胞。与临床沟通，患者做PET，考虑结肠肿瘤|目录|010203迪安“图文”结合宏基因产品宏基因报告单解读分枝杆菌鉴定及耐药检测一.报告参数解读序列数：高通量测序序列唯一比对到某属或种微生物特异性序列数相对丰度：将病原体按照细菌、真菌、病毒和寄生虫进行分类，相对丰度是该病原体相应分类中基因组相对比例鉴定置信度：根据序列比对，在样本中鉴定该病原体的可信度判读依据（结合临床是关键）：1.检出序列数（reads）：降序排列（检出序列数越高，致病可能性越大）2.致病性：疾病相关程度高低（疾病相关程度越高，致病可能性越大）3.耐药基因/毒力因子：是否需要重点干预二.reads数的高与低意味着什么？reads数意义：●reads指的是匹配到该病原体的序列数目。●reads数的多少与标本中病原体含量多少、标本中核酸提取量、及标本中人源序列比例有关。●不同的病原体，具有不同的reads数特点，单个病原体逐个分析至关重要。●reads高不一定意味着致病，reads数低不一定意味着不致病。●结合reads数目、病原体排位，临床才能更好的进行分析。病原体基因组大小：寄生虫＞真菌＞细菌＞病毒标本中核酸提取效率：病毒＞G-细菌＞G+细菌＞真菌、结核人源序列比例：组织＞痰液＞血＞BALF＞脑脊液三.病原体致病性怎么看？严格致病病原体，如结核、诺卡菌、流感病毒、曲霉、隐球菌、支原体等，可考虑为致病病原条件致病菌：铜绿、鲍曼、链球菌等，要看标本类型、序列数、排名、动态变化，并结合临床判断常见呼吸道定植菌和皮肤定植菌，一般不考虑致病性，除非序列数特别高，并结合临床判断考虑引起感染的口腔菌：牙髓卟啉单胞菌、弯曲菌、消化链球菌、具核梭菌、微小微单胞菌、产黑色普氏菌（是否有误吸、脓肿，是否几种同时出现）罕见、特殊病原体，具体分析呼吸道感染常见分子诊断——多联检或宏基因检测多重PCR检测数量：6-20种检测时间：几个小时样本类型：呼吸道样本技术特点：检测快速，灵敏度和特异度高；操作简便；检测病原数量有限tNGS检测数量：100-500种检测时间：12-16小时样本类型：BALF/痰液/胸水/组织等技术特点：覆盖病原较广；相比mNGS价格经济；流程操作复杂检测数量：20000多种检测时间：24小时样本类型：各种类型技术特点：病原广覆盖，无偏好性；流程操作复杂；价格相对贵；mNGS全新升级3.0版本-354种病原体+9种耐药基因新增（166种）病原体列表细菌134种罕见分枝杆菌14种、厌氧菌8种、2种诺卡菌等真菌6种5种念珠菌（萄牙念珠菌、克柔念珠菌、季也蒙假丝酵母、似平滑念珠菌、拟平滑念珠菌）、申克孢子菌丝病毒16种新冠及7种腺病毒分型等立克次氏体9种普氏立克次体、莫式立克次体、立氏立克次体、猫立克次体、伤寒立克次体、恙虫病东方体、贝纳柯克斯体、汉赛巴通体、人粒细胞无形体螺旋体1种梅毒螺旋体基于宏基因临床大样本统计数据，基本满足临床95%的呼吸局灶感染病原检测需求|目录|010203迪安“图文”结合的宏基因产品宏基因报告单解读分枝杆菌鉴定及耐药检测03产品特点：检测平台优势核酸质谱熔解曲线表型DST高通量测序XpertMTB耐药是（仅一种）是是是是NTM耐药否尚无此类产品尚无此类产品是是鉴定NTM至亚种否否是（19种300-1000）否是混合感染识别否否是否是03三代测序：专家共识推荐用于分枝杆菌耐药诊断基因型预测耐药的价值：针对表型实验困难的非结核分枝杆菌，如脓肿分枝杆菌，耐药基因可以准确预测耐药情况。基因型解读的可靠性：针对结核分枝杆菌，基因型预测与表型一致性高，具有很好的特异性。推荐nanopore测序的原因：长度长测序，精准鉴定分枝杆菌至亚种水平；针对基因组特定区域的突变检测具有更高的特异性，有利于获取更全面准确的耐药信息。03产品特点：MTB可报药物11种03产品特点：NTM鉴定分型与耐药指南药物全覆盖03产品优势：病原及耐药一体化诊断结核分枝杆菌（MTB）附加信息针对抗酸染色不易区分的病原（诺卡菌）、