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蛋白质数据库去冗余程序的研究与开发的任务书

一、背景

随着生物信息学的发展，蛋白质序列及结构数据不断积累。蛋白质数据库已经成为生物信息学研究的重要工具。然而，由于数据来源和技术限制等原因，目前已知的蛋白质序列和结构存在大量冗余数据。冗余数据不仅降低了数据库检索效率，同时也会对生物信息学研究结果的准确性产生一定影响。

因此，对蛋白质数据库进行去冗余操作成为生物信息学研究中一个重要的任务。目前已有多种去冗余方法被提出，如CD-HIT、BLASTclust、MMseqs等。然而，这些方法也存在一定的局限性，如处理速度慢、对一些特殊序列或结构不适用等。

因此需要对这些方法进行改进或开发新的去冗余方法，提高蛋白质数据库的使用效率和研究结果的准确性。

二、任务

1.调研：对蛋白质数据库去冗余的现有方法进行归纳总结，并分析其优缺点。

2.算法设计：基于现有的去冗余方法，结合计算机科学的相关理论和技术，设计新的去冗余算法，同时兼顾算法的速度和准确性。

3.实现：实现所设计的去冗余算法。

4.性能测试：对所实现的去冗余算法进行性能测试，评估算法的效率和准确性。

5.结果分析：分析算法性能测试结果，比较所设计的算法与现有的去冗余方法的差别。

6.文档编写：编写算法设计、实现、性能测试等相关文档，包括用户手册和技术文档等。

三、要求

1.熟悉计算机科学的相关理论和技术，掌握一种编程语言。

2.对蛋白质数据库及相关领域有一定的了解。

3.具备较强的分析问题和解决问题的能力。

4.具备良好的英语文献阅读能力和文档编写能力。

四、交付物

1.算法设计文档

2.算法实现代码

3.性能测试结果报告

4.用户手册和技术文档

五、时间安排

本任务的时间安排为4个月，具体安排如下：

1.前期调研：1个月

2.算法设计和实现：2个月

3.性能测试和结果分析：1个月

4.文档编写和最终交付：1个月

六、参考文献

1.欧阳明高，刘静，张巨龙等.蛋白质序列数据库去冗余技术的研究.华中科技大学学报(自然科学版),2007,35(7):122-126.

2.LiW.andGodzikA.Cd-hit:afastprogramforclusteringandcomparinglargesetsofproteinornucleotidesequences.Bioinformatics,2006,22:1658-1659.

3.AltschulS.F.,MaddenT.L.,Sch?fferA.A.etal.GappedBLASTandPSI-BLAST:anewgenerationofproteindatabasesearchprograms.Nucl.AcidsRes.,1997,25:3389-3402.

4.SteineggerMandS?dingJ.MMseqs2enablessensitiveproteinsequencesearchingfortheanalysisofmassivedatasets.NatBiotechnol,2017,35(11):1026-1028.