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《土壤生物分类学与系统发育》教学大纲

一、基本信息

课程名称

土壤生物分类学与系统发育

课程编号

ECOL3108

英文名称

Soil?BiologicalTaxonomyMolecularPhylogenesis

课程类型

选修课

总学时

36

理论学时

25

实验学时

11

实践学时

0

学分

2

预修课程

土壤生物与生态学

适用对象

生态学专业

课程简介

本课程系统讲授土壤微生物、线虫、蚯蚓和弹尾纲的形态分类与分子系统发育知识，通过理论学习和实践操作相结合，学生可初步识别以上四个类群的生物，并了解物种的亲缘关系，为研究土壤微生物和动物的起源和进化打下基础。

二、教学目标及任务

通过本课程的学习，要求学生掌握土壤生物四大类群（土壤微生物、线虫、蚯蚓、弹尾纲）的分类学历史、分类原理与方法、物种的定义和命名、分类特征、各阶元的识别、分子系统发育研究方法，最终达到能够进行以上四大类群的野外考察，并初步进行分类和分析其亲缘关系。

三、学时分配

教学课时分配

章节

章节内容

讲课

实验

实践

合计

第一章

绪论

4

?

?

4

第二章

微生物分类学及系统发育

4

0

?

4

第三章

土壤线虫形态分类学

2

1

?

3

第四章

土壤线虫分子系统发育及案例

3

2

?

5

第五章

蚯蚓形态分类学

3

2

?

5

第六章

蚯蚓分子系统发育及案例

3

2

?

5

第七章

弹尾纲形态分类学

3

2

?

5

第八章

弹尾纲分子系统发育及案例

3

2

?

5

合计

36

?

?

36

四、教学内容及教学要求

第一章??绪论

第一节??生物的分界

第二节??分类学基础知识

1.??分类依据

2.??物种概念

3.??生物地理

4.??命名法规

习题要点：生物分类依据和命名法规。

本章重点、难点：物种概念的演变过程、生物地理学基础知识。

本章教学要求：掌握生物分类的方法；理解物种概念及其发展过程；掌握生物命名的法规；了解生物地理学基础知识。

第二章??微生物分类与鉴定

第一节??微生物分类的基本理论

1.???微生物分类学三个组成部分

2.???分类单元及其等级

3.???微生物命名

4.???细菌分类系统----Bergey’sManual

习题要点：微生物命名法则与三界分类系统。

第二节??微生物分类鉴定的特征和技术

1.???形态学和生理生化特征

2.???血清型和噬菌体型

3.???氨基酸顺序和蛋白质分析

4.???核酸的碱基组成和分子杂交

5.???rRNA的序列分析

6.???化学分类特征

习题要点：生理生化指标与分子生物学指标在微生物分类系统中的应用。

第三节??微生物的快速鉴定和自动化分析技术

1.??微量多项试验鉴定系统

2.??数值分类

习题要点：微量多项试验鉴定系统如何操作；数值分类的定义与步骤。

本章重点、难点：微生物分类系统的演变；现阶段对微生物分类鉴定的流程

本章教学要求：掌握三界分类系统；掌握微生物16srRNA系统分类原理与流程；了解生理生化指标分类、微量多项试验鉴定系统、数值分类在微生物分类鉴定中的应用。

第三章??土壤线虫形态分类学

第一节??线虫动物门介绍

第二节??线虫动物门分类

第三节??实验：线虫形态学观察

习题要点：线虫动物门在土壤动物中的作用及其地位；线虫动物门分类；线虫形态鉴定方法及功能类群分类。

本章重点、难点：线虫形态学鉴定的关键特征及其分类标准。

本章教学要求：掌握土壤线虫分类的标准及其鉴定的形态学特征。

第四章??土壤线虫分子系统发育

第一节??土壤线虫分子系统发育学介绍

第二节??方法及案例分析

习题要点：土壤线虫分子系统发育的规律，及分子学方法在线虫系统发育中的应用。

本章重点、难点：线虫分子系统发育树的构建。

本章教学要求：了解土壤线虫分子系统发育的规律，掌握线虫分子系统发育树的构建的方法及其步骤。

第五章??蚯蚓形态分类学

第一节??蚯蚓形态分类学研究历史

习题要点：蚯蚓形态分类各阶元的演变历史

第二节??巨蚓科蚯蚓形态分类学

1.???研究方法及实践

2.???地理分布和区系分析

习题要点：巨蚓科蚯蚓形态分类学方法与特征；巨蚓科蚯蚓地理分布特点。

本章重点、难点：不同属、种的形态特征区分。

本章教学要求：掌握巨蚓科蚯蚓不同属、种的形态学特征；依据形态特征识别物种；了解巨蚓科蚯蚓地理分布和区系特征。

第六章??蚯蚓分子系统发育及案例

第一节??蚯蚓分子系统发育研究现状

1.???蚯蚓分子系统发育研究进展

2.???对系统发育关系具潜在重要意义的形态学特征

习题要点：常用的蚯蚓分子系统发育技术

第二节??蚯蚓分子系统发育研究案例

1.???基于线粒体基因的分子系统发育

2.???联合线粒体和核基因的分子系统发育

习题要点：适用区分不同阶元的基因。

本章重点、难点：如何选择合