基于TCGA数据库的头颈鳞癌预后关键基因分析.pdfVIP

ChineseJournalofHealthInformaticsandManagement,February2024,Vol.21,No.1中国卫生信息管理杂志2024年2月第21卷第1期

中国卫生信息管理CHINESEJOURNALOFHEALTHINFORMATICSANDMANAGEMENT

doi:10.3969/j.issn.1672-5166.2024.01.027

基于TCGA数据库的头颈鳞癌

预后关键基因分析

①①△

陈莹秦涵书

文章编号：1672-5166（2024）01-162-08中图分类号：R-058；R319文献标志码：A

摘要目的利用现有的TCGA数据库中头颈鳞癌基因表达谱数据和生存数据，探索头颈鳞癌预后关键基

因。方法基于机器学习方法并在统计学意义下进行基因差异表达分析。分别利用LASSO回归及弹性网络回

归，初步筛选出与生存相关的基因，并基于GEPIA数据库和Wilcoxtest检验对筛选结果进行双重检验。利用

UALCAN数据库和COX比例风险回归模型，对通过检验的基因结果进行生存分析，探索预后关键基因与生存

率的关系。结果共获得1881个差异基因，并且弹性网络回归筛选的18个基因通过了双重检验（P0.05）。

6个基因在UALCAN数据库和COX比例风险回归模型中均与头颈鳞癌生存率相关，其中CDKN2A、DMRTA2

与患者生存率正相关，PLAU、STC2、SYT1、TIMP4则与患者生存率负相关。结论CDKN2A、DMRTA2、

PLAU、STC2、SYT1、TIMP4这6个基因为头颈鳞癌预后关键基因。

关键词头颈鳞癌弹性网络预后基因生存分析

AnalysisofKeyGenesforPrognosisofHeadandNeckSquamousCellCarcinomaBasedonTCGA

Database

CHENYing,QINHanshu

InformationCenteroftheFirstAffiliatedHospitalofChongqingMedicalUniversity,Chongqing400016,

China

AbstractObjectiveToexplorethekeygenesfortheprognosisofheadandnecksquamouscell

carcinomabyusingtheexistingTCGAdatabasefortheexpressionprofileandsurvivaldataofheadand

necksquamouscellcarcinoma.MethodsGenedifferentialexpressionanalysiswasperformedbasedon

machinelearningmethodandwithstatisticalsignificance.Thegenesrelatedtosurvivalwerepreliminarily

screenedoutbyLASSOregressionandelasticnetworkregression,andthescreeningresultsweredouble-

testedbasedontheGEPIAdatabaseandWilcoxtest.Thesurvivalanalysisofthetestedgeneswascarried

outbyusingtheUALCANdatabaseandCOXproportionalhazardsregressi