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江苏农业科学２０２５年第５３卷第６期—３３—

王钰文，钟鑫，范晓庆，等．基于９６ＫＳＮＰ芯片的谷子抽穗期性状全基因组关联分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２５，５３（６）：３３－４７．

ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２５．０６．００４

基于９６ＫＳＮＰ芯片的谷子抽穗期性状全基因组关联分析

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王钰文，钟鑫，范晓庆，刘颖慧，赵治海，范光宇，王晓明

（１．河北北方学院农林科技学院，河北张家口０７５０００；２．张家口市农业科学院谷子研究所，河北张家口０７５０００）

摘要：抽穗期是衡量农作物重要性的一个关键指标，它直接影响作物对地区和季节的适应能力。了解不同谷子品

种的适宜种植区域，对于农业生产和实践具有极其重要的意义。为揭示控制抽穗期性状的遗传机制，为开展理想性状

标记辅助选择育种奠定基础，调查了２３０个样本的抽穗期叶姿、刚毛长度、刚毛颜色、护颖颜色、花药颜色、茎秆长度、

茎秆粗度、伸长节间数８个抽穗期性状并进行基因组重测序，拟以水稻抽穗期相关性状为研究对象，利用Ｒ软件中

ＧＷＡＳｐｏｌｙ方法对水稻抽穗前后的相关性状进行多层次的相关性研究，利用基于１－随机和正双（种群结构＋血缘）的

杂交Ｑ＋Ｋ（种群结构＋血缘）方法，分别构建分位数－分位数（ＱＱ－Ｐｌｏｔ）和曼哈顿图。筛选与表型相关性显著的单

核苷酸多态性位点（ＳＮＰｓ），在１０ｋｂ区间找到与表型相关的基因，并对这些ＳＮＰｓ进行功能注释。明确了每个性状与

其具有显著关联性的染色体位置以及关联度，与抽穗期叶姿、刚毛长度、刚毛颜色、护颖颜色、花药颜色、茎秆长度、茎

秆粗度、伸长节节间数关联的ＳＮＰ的关键位点在９条染色体上均有分布。

关键词：谷子；全基因组关联分析；ＳＮＰ；抽穗期性状；候选基因

中图分类号：Ｓ１８８；Ｓ５１５．０１文献标志码：Ａ文章编号：１００２－１３０２（２０２５）０６－００３３－１５

谷子（Ｓｅｔａｒｉａｉｔａｌｉｃａ）是一种起源于我国的多年近年来，研究人员在基因组层面上开展了一系

生草本植物，小米是谷子去壳后的产物。谷子是我列对谷子的研究工作，包括利用重测序技术对重要

［４－５］

国最主要的农作物之一，也是我国陆地生态系统的农艺性状进行全基因组关联分析（ＧＷＡＳ）；利

［１］用杂交分离群体对重要性状进行数量性状基因座

核心组成部分，其抗旱节水能力极强，有望成为

我国应对未来全球气候变化的战略性后备作物。（ＱＴＬ）作图［６－８］，以及抗逆基因的克隆与功能验

笔者所在课题组前期已经完成了谷子ＳＳＲ简单重证［９－１０］等。谷子是短日喜温的农作物，对光照和温

复序列分子标记的检测［２－３］，为开展谷子分子育种度敏感，具有显著的地域特征，是开展谷子生态适

研究打下了坚实的基础。宜度评估的基础。通过对谷子的生态适应性评估，

发掘出适应性广的谷子种质，对于培育跨地域适应

收稿日期：２０２４－０４－０８性广的谷子新品种有重大的实际应用价值。抽穗

基金项目：国家现代农业产业技术体系建设专项（编号：ＣＡＲＳ－０６－期是反映作物生态适应能力的一个重要指标，还可

１４．５－Ａ７）；河北省重点研发计划（编号）；河北北方学以反映作物的生长状况，光照、温度等环境因素对

院校级课题；河北宣化谷子科技小院项目。其有显著影响［１１－１２］。Ｇｕｐｔａ等对１８４个谷子品种

作者简介：王钰文（１９９８—），男，山东潍坊人，硕士研究生，研究方向