人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法.docx

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《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》标准立项与发展报告

EnglishTitle:DevelopmentReportontheStandardizationProject:QualityEvaluationMethodsforHumanWhole-GenomeMethylationHigh-ThroughputSequencingData

摘要

随着表观遗传学研究的深入，DNA甲基化作为关键调控机制，在癌症等重大疾病的早期诊断、预后评估及精准治疗中展现出巨大潜力。全基因组甲基化高通量测序（WGBS、EM-Seq、TAPS等）是绘制全基因组甲基化图谱、筛选生物标志物的核心技术。然而，当前该技术领域缺乏统一的数据质量评价标准，不同实验室在样本处理、建库方法、测序平台及生物信息学分析流程上存在差异，严重影响了研究数据的可重复性、可比性以及临床分子诊断的准确性与可靠性。为应对这一挑战，本标准《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》应运而生。本报告详细阐述了该标准立项的背景与战略意义，明确了其适用范围与核心技术内容。标准旨在建立一套科学、系统、可操作的质量评价体系，涵盖从样本制备、文库构建到测序产出及甲基化检测的全流程关键质控点。本标准的制定与实施，将填补该领域标准化空白，为科研数据的规范生产、临床检测的合规开展以及相关产品的审评审批提供关键技术依据，对推动我国表观遗传学研究和精准医疗产业的健康发展具有里程碑式意义。

关键词：

全基因组甲基化测序；高通量测序；数据质量评价；表观遗传学；标准化；生物标志物；精准医疗

Whole-GenomeMethylationSequencing;High-ThroughputSequencing;DataQualityEvaluation;Epigenetics;Standardization;Biomarker;PrecisionMedicine

正文

一、立项背景与战略意义

癌症是全球主要的公共卫生挑战，其早期发现、精准诊断与有效治疗是降低死亡率的关键。近年来，表观遗传学，特别是DNA甲基化研究，为癌症防控提供了全新视角。DNA甲基化异常是肿瘤发生发展过程中的早期且稳定的事件，相较于传统蛋白类肿瘤标志物，DNA甲基化标志物具有出现更早、检测更无创（如液体活检）、结果更精准等显著优势。这些标志物不仅可用于癌症的早期筛查与辅助诊断，还能用于评估进展风险、监测微小残留病灶（MRD）、预测复发以及指导化疗药物敏感性，实现真正的个体化治疗。

除癌症外，DNA甲基化异常与糖尿病、神经退行性疾病、自身免疫性疾病等多种复杂疾病的发生发展密切相关。因此，精确检测临床样本中的DNA甲基化模式，对于揭示疾病机制、开发新型诊疗策略具有不可估量的价值。

全基因组甲基化测序技术能够从基因组整体水平上无偏倚地检测甲基化状态，是发现新型甲基化标志物、解析表观遗传调控网络的基石性工具。随着高通量测序技术（如Illumina平台）和长读长测序技术（如PacBioSMRT、OxfordNanopore）的迭代发展，获取全基因组甲基化图谱的速度与效率大幅提升，其应用已从基础生物学研究迅速扩展至临床分子诊断、药物研发等前沿领域。

然而，技术的蓬勃发展与广泛应用的迫切需求背后，隐藏着数据质量参差不齐的严峻问题。目前主流方法如全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）、酶促甲基化测序（EM-Seq）、TET辅助吡啶硼烷转化测序（TAPS）等，其实验流程复杂，涉及多种化学转化或酶学处理步骤。不同实验室在试剂选择、操作流程、测序平台及后续生物信息学分析流程上存在显著差异，导致不同来源的测序数据难以直接比较和整合，严重影响了科学发现的可重复性和临床诊断结论的一致性。尽管国际组织如美国病理学家协会（CAP）和美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）已对高通量测序的临床应用提出通用性要求，但专门针对全基因组甲基化测序这一特定技术的数据质量评价标准在国际上尚属空白。

因此，制定《人全基因组甲基化高通量测序数据质量评价方法》标准，具有高度的必要性和紧迫性。该标准旨在：

1.统一技术规范：为不同实验室建立统一的质量评价基准，确保数据产出质量的一致性与可比性。

2.保障数据可靠性：为核心科学研究（如标志物筛选）和临床转化应用（如诊断试剂盒开发）提供高质量的数据基础。

3.促进行业健康发展：为第三方检测服务、仪器试剂生产商以及监管机构的审评审批提供明确的技术依据，规范市场秩序。

4.抢占标准制高点：在国际标准尚未形成之际，率先建立国家或行业标准，有助于提升我国在该领域的国际话语权和竞争力。

本项目获得了国家级科研专项“人体表型解析技术临床应用的标准化研究（课题编号：202