水稻抽穗期QTL DTH2的精细定位和候选基因预测.docVIP

  水稻抽穗期 QTL DTH2 的精细定位和候选 基因预测# 吴玮勋1，江玲1，陆广文1，钟铮铮2，万建民1** 5 10 15 20 25 30 35 40 （1. 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室，南京 210095； 2. 中国农业科学院作物科学研究所，北京 100081） 摘要：抽穗期是水稻中的一个重要性状，决定水稻适应不同的栽培地区和播种季节。本文中， 我们发现了一个新的微效 QTL DTH2，仅在长日照条件下促进开花。DTH2 的遗传效应最初 在染色体片段置换系 23（CSSL23）中确定，然后用 CSSL23/Asominori BC4F2 群体对该 QTL 进行定位。用标记辅助选择的方法从 BC4F2 群体中开发了一个近等基因系（NIL）。通过图 位克隆的方法我们把 DTH2 定位在 37.6-Kb 的基因组范围内，其间有 9 个预测的开放阅读框 （ORFs），其中 ORF5 和拟南芥 COL9 有 51%氨基酸序列的同源性，后者通过降低 CO 和 FT 的表达从而在拟南芥中长日照条件下延迟开花。我们于是推测 ORF5 是候选基因。该研 究为图位克隆 DTH2 基因提供了基础。 关键词：水稻；DTH2；抽穗期；微效 QTL 中图分类号：S511.S330.2+5 Fine mapping of the heading date QTL DTH2 and prediction of candidate gene in rice (Oryza sativa L.) WU Weixun1, JIANG ling1, LU Guangwen1, ZHONG Zhengzheng2, WAN Jianmin1 (1. State Lab of Crop Genetics and Germplasm Ehancement, Nanjing Agricultural University, NanJing 210095; 2. Cro Science Institute, CAAS, Beijing 100081) Abstract: Heading date (HD) in rice is a key determinant for its adaptation to different cultivation zones and cropping seasons. Here, we discover a newly identified minor-effect QTL DTH2, which promotes flowering only under long-day conditions (LDs). A genetic effect of dth2 was first confirmed in the chromosome segment substitution line 23 (CSSL23), then the QTL was mapped using the CSSL23/Asominori BC4F2 population. One nearly isogenic line (NIL) was developed from the BC4F2 population using a marker-assisted selection strategy. Map-based cloning located the DTH2 in a 37.6-kb genomic region with 9 predicted open reading frames (ORFs), of which ORF5 showed 51% amino-acid-sequence identity with the Arabidopsis COL9, which delays flowering by reducing expression of CO and FT in Arabidopsis only under long-day conditions. We speculated that ORF5 was the candidate gene. This study provides a basis for map-based cloning of the DTH2 gene. Keywords: Rice; DTH2; Heading date; Minor-effect QTL 0 引言 在水稻中，抽穗期是一个重要的农艺性状，它决定着品种的季节和区域适应性。因此， 选择合适的抽穗期是水稻育种中的主要任务。抽穗期是水稻中的一个复杂性状，由许多基因 和环境条件如温度和日长控制。在这些环境条件中，光周期是