一个双面SF-MNSA问题特殊情况下的算法.docVIP

一个双面 SF-MNSA 问题特殊情况下的算法 柳楠1,2, 朱大铭1 1 山东大学计算机科学与技术学院，济南　 250101 2 山东建筑大学计算机科学与技术学院，济南　 250101 摘要：片段填充是基因组测序中的一个组合优化问题，能够辅助提高生物测序及拼接结果的准 确性。基于最大化串邻接数的双面片段填充问题主要研究给定两个不完整的基因序列 A 和 B， 分别将缺失的基因填充到 A 和 B 中生成序列 A’ 和 B’，使 A’ 和 B’ 形成的邻接数最大。含有 重复基因的双面片段填充问题是 NP 完全的，且暂无有效的近似算法。本文首先提出了该问题 的一个新版本：带有符号 # 的双面 SF-MNSA 问题，针对该问题的特殊情况提出了一个多项 式时间算法，并证明算法的可执行性和正确性。 关键词：软件与理论，片段填充，串邻接，断点 中图分类号： TP301.5 The Algorithm for the Special Case of Two-sided SF-MNSA Problem LIU Nan1,2, ZHU Da-Ming1 1 School of Computer Science and Technology, Shandong University, Jinan 250101 2 School of Computer Science and Technology, Shandong Jianzhu University, Jinan 250101 Abstract: Sca?old ?lling is a new combinatorial optimization problem in genome sequencing and can improve the integrity of the sequencing results.The two-sided Sca?old Filling to Maximize the Number of String Adjacencies(SF-MNSA) problem can be described as: given two incomplete gene sequences A and B, respectively ?ll the missing genes into A and B such that the number of adjacencies between the resulting sequences A′ and B′ is maximized.The two-sided sca?old ?lling problem is NP-complete for genomes with duplicated genes and there is no e?ective approximation algorithm.In this paper, a new version problem is proposed that symbol # is added to each endpoint of each input sequence for any instance of two-sided SF-MNSA problem and a polynomial algorithm for the special instance of this new version problem is designed and proved. Key words: Software and Theory, Sca?old Filling, String Adjacency, Breakpoint. 基金项目： 国家科学自然基金 ，教育部高等学校博士学科点专项科研基金 (20090131110009)，中国博士后科学基 金 (2011M501133) 作者简介： 柳楠（1980-），女，在读博士，主要研究方向：算法与复杂性、计算分子生物学, belovedmilk@126.com. 朱大铭 （1964-），男，教授，主要研究方向：算法与复杂性、计算分子生物学、神经网络等, dmzhu@. -1- 0 Introduction In the process of biological sequencing, a gene fragment or genome is generally sequenced and assembled many times. Finally, we often obtain more than one incomplete sequence (scaf- folds or contigs). T