玉米同义密码子分析.pdfVIP

第39卷 第1期 由 阜 师 范 大 学 学 报 V01．39 NO．1 2013年 1月 Journal of Qufu Normal University Jan．2013 DOI：10．3969／j．issn．1001-5337．2013．1．005 玉米同义密码子分析 李修善 (曲阜师范大学生命科学学院，273165，山东省曲阜市) 摘要：利用现有的玉米基因组数据库数据，使用CodonW软件对筛选得到的29657个有效基因进行同 义密码子使用的多变量分析．结果表明：在玉米中发现23个最优密码子 ，并且密码子第3位碱基呈现出明显 的GC偏性．表明基因的 GC含量直接影响玉米的密码子使用频率，同时片段长度越短，其最优密码子的使用 频率越高．23个最优密码子的确定对玉米的基因改造和基因育种提供了重要的参考依据． 关键词 ：玉米；同义密码子使用偏性；最优密码子；Gc含量 中图分类号：$565．6；Q785 文献标识码 ：A 文章编号：1001—5337(2013)01-0085-05 0 引 言 码子的使用模式与基因的表达紧密联系，高表达基 因受到的选择压力较大，迫使其选择偏爱性密码子 来提高翻译效率和精准度lj．在大肠杆菌、酿酒酵 密码子是生物体 内遗传信息传递的基本环节， 是核酸携带信息和蛋 白质携带信息间对应的基本规 母和黑腹果蝇的基因组中，tRNA丰度显著地影响密 则．编码同一氨基酸的密码子称为同义密码子(Syn— 码子的选择，最优密码子是那些能被最多tRNA识 onymousCodons)，经过长期进化，不同物种或基因 别的密码子．因此，最优密码子的使用可以看作是提 形成了对特定的同义密码子的使用偏好，称为密码 高细胞中所有蛋 白表达的有效途径… ． 子偏性 (codonbias)，被优先使用的这些密码子就是 玉米是人们生产、生活中最常使用的粮食作物 该物种或基因的最优密码子 (optimalcodon)¨．研 之一，其产量和质量极大地影响着人们的生活品质． 究表明，同义密码子偏性广泛存在于从原核生物到 近年来，随着研究的不断开展，玉米的基因库逐渐丰 真核生物的生物系统中．不同种类的基因组，甚至是 富完善，对基因表达的众多环节，特别是玉米密码子 来 自同一基因组的不同基因，其同义密码子的使用 的使用和最优密码子的选择方面，研究的力度也不 频率也存在差异．这种复杂现象产生的原因有很多， 断加深．在本研究中，通过分析软件对玉米的密码子 如突变偏性 、自然选择 、基因长度 、tRNA丰 使用进行多元统计学分析，并确定其最优密码子，为 度Is]、mRNA二级结构 J、反义密码子作用 等，可 玉米在增加产量、提高品质，提高基因表达量以及基 以说 ，影响因素可能存在于基因转录、翻译直至蛋白 因改造等方面的研究提供有力的分子依据． 质高级结构形成的各个环节．同义密码子偏性产生 的原因在不同生物体中也不尽相同．在单细胞生物 1 材料与方法 体中，例如大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母等，密 码子的使用一般是 自然选择和突变均衡的结果．但 1．1 基因信息的获取与筛选 是在有高AT或者 GC含量的原核生物和哺乳动物 研究所需的玉米 (Zeamays)全基因组序列来 中，突变的偏性才是决定密码子多样性的主要原 自网站 http：／／WWW．maizesequence．org．为减少样本 因 J．有