一种基于极大团扩展的蛋白质相互作用网络可视化方法.pdfVIP

科 技 通 报 Vo1．28 No．12 第28卷 第 l2期 2012年 12月 BULLETIN OFSCIENCEAND TECHNOLOGY Dec．2012 一 种基于极大团扩展的 蛋白质相互作用网络可视化方法 黄 新，蔡学军 (深圳职业技术学院计算机工程学院，广东 深圳 518055) 摘 要：后基因组时代 ，如何从大量的蛋 白质相互作用(PPI)数据中寻找特定信息并以图形方式显示是 迫切需要解决的问题。为此，本文提出了一种基于极大团扩展的蛋白质复合物聚类算法，该算法通过一 种基于极大团扩展的蛋白质符合物识别算法构造功能模块，对PPI网络中的功能模块进行聚类，通过将 功能模块用抽象节点代替的方法将PPI网络层次化，这样不但降低了复杂性而且提高了PPI网络中信息 的可阅读性。同时采用增加、删除、修改数据的方法对算法进行稳定性分析。结果表明，该算法具有较好 稳定性。对于其他具有相似结构的网络，该方法也具有借鉴意义。 关键词：蛋白质相互作用网络；功能模块；聚类 中图分类号 ：Q811．4 文献标识码：A 文章编号：1001—7119(2012)12—0032-04 A VisualizeM ethodforProtein-Protein InteractionNetworkBasedonExtendedClique HuangXin,CaiXuejun (SchoolofComputerEngineering，ShenzhenPolytechnic，Shenzhen518055，China) Abstract：How tosearch specificinformationinPPInetworkandpresentthem inagraphicform havebeenahotre- searchtopicduringpost-genomeera．Tosolvethisproblem，aclusteringalgorithm ofridentificationofproteincomplexes， namedMC _ NCIA，isproposedbasedon clique—extended．Thealgorithm getsfunctionalmodulesthrough an algorithm basedonextendedclique，fuetheritcangetcompletestructuresofPPInetworkbyclusteringoffunctionalmodulesand temporarilyreplacingfunctionalmoduleswithabs~actnodes．Wenotonlyimprovereadabilityoftheinformation，butalso greatlyreducevisualcomplexity．Furthemr ore，weevaluatethestabilityofthemethodbyincludingadding、removingand rewiringdatainPPInetwork．Theresultsshow thatMC NCIA hasgoodstability．Thealgorithm canbegeneralizedto — — othernetworkswiththesimilarstructures． Keywords：p