葡萄NAC转录因子家族生物信息学分析.pdfVIP

葡萄NAC转录因子家族生物信息学分析.pdf

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基因组学与应用生物学,2011年 ,第 30卷,第 2期,第 229—242页 GenomicsandAppliedBiology,2011,Vo1.30,No. 2,229—242 数据分析 AnAnalysis 葡萄NAC转录因子家族生物信息学分析 孙欣 上官凌飞 房经贵 宋长年 王晨 慕茜 南京农业大学园艺学院,南京,210095 通讯作者,fanggg@njau.edu.cn 摘 要 NAC基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,广泛参与植物生长、发育以及器官建成、逆境 胁迫应答等反应 。目前 ,基因组信息的挖掘和分析 已经成为葡萄功能基因组学研究的重要组成部分 。本文利 用生物信息学方法对葡萄 143条 NAC蛋 白序列 的系统发生和 NAC基因组定位进行分析,然后对其氨基酸 组成成分 、理化性质 以及二级和三级结构进行预测和分析 ,同时还分析了葡萄与拟南芥的NAC基 因家族之 间的联系 。结果显示这 143条蛋 白序列与拟南芥 94个 NAC基 因蛋白序列一起分成了 16个亚族,说明拟南 芥与葡萄NAC基因间具有较高的保守性。基因组定位结果发现 143条NAC基因分布在 17条染色体上 。研 究还发现不同亚家族问氨基酸数 目、氨基酸序列 间的疏水性存在一定的差异 ;而它们 的二级结构都主要 以 随机卷 曲为组成部分,且 143条氨基酸序列三维结构十分相似。本文试验结果将为葡萄NAC基 因家族的进 一 步功能分析提供重要研究基础 。 关键词 葡萄,拟南芥,NAC转录因子,生物信息学 BioinformaticsAnalysisoftheNAC TranscriptionFactorFamilyinGrape— V1ne SunXin ShangguanLingfei FangJinggui SongChangnian WangChen MuQian CollegeofHorticulture,NanjingAgriculturalUniversity,Nanjing,210095 Correspondingauthor,fanggg@njau.edu.CD DOI:10.3969/gab.030.000229 Abstract NAC genefamilyisaspecifickindofimportanttranscriptionalfactorstoplants,whichareinvolved extensivelyinplantgrowth,developmentandorganogenesisandstressresponses.Now,grapehasbeenfocusedon molecularbiologyresearchareas,ofwhichtheinformationminingandanalysisofgrapegenomeisverysignificant fortheprorgessofrgapefunctionalgenom ics.Inthisarticle,byutilizingthebioinformaticsmethod weanalyzed , thephylogeneticof143NAC fam ilyproteinsequenceandNACgenomelocalizationfirstly andthenpredictedand , analyzedtheiramino acidcomposition,physicalandchem icalcharacteristics,aswellassecondaryandtertiary structures,meanwhile,we stillassayed therelation ofNAC gene family between rgapevine andArabidopsis thaliana.Theresultshowedthatthese143am inoacidsequencescouldbeclusteredintosixtygroupstogetherwith 94NAC sequencesofArabidopsistha!iana,whichilluminat

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