蛋白质空间结构的统计分析.pdfVIP

第 24毪第 5期 iIj西大同人学学报(自然科学版) V()1．24．No．5 20O8年 10月 Joun1alI】fShanxiDatflfIgUniversity(NaturalS(ience) O(t·2008 蛋白质空问结构的统计分析 王 昕 ，毛炳蔚 ，王福伟 ，张 婧 (1．燕山大学理学院，河北秦皇岛 ()66()(】4； 2燕山大学信息与科学工程学院，河北秦皇岛()66f)04；3．天津海关，天津 3()0()12) 摘 要：利用数据挖掘 中的数据分布拟合理论对生物科学领域中的蛋白质侧链空间结构进行统计分析．以世 界上广泛使用的生物分子三维结构数据库 PDB为基础 ，利用沈世镒教授提 出的对多氨酸残基侧链碳原子 间距 离 的统计分析方法，通过正交试验设计和信息论 中的熵函数等相关知识，给 出了不同位置、不同氨基酸残基种类对 侧链结构的影响． 关键词 ：正交试验设计 熵 函数 蛋白质侧链的空间结构 三联子 中图分类号：0212．1；02l2．2 文献标识码：A 文章编号：l674—0874(20HD8)05一o003一o3 蛋自质是生命科学的重要研究对象．研究蛋 白 的是蛋 白质二级结构．最基本的二级结构类型有 质的功能需要深入了解它们的结构 ，无论对于生命 一 螺旋(He1ix)结构和 p一折叠(sheet)结构，此外还 科学还是生物信息学，蛋白质空间结构的分析都是 有 p一转角 (Turn)和无规则卷曲(coil)它们是构成 核心课题之一．蛋厂1质的■维结构完全南其氨基酸 蛋 白质高级结构的基本要素．在这20种常用的氨基 序列(一级结构)决定．近几年来，已有十万种蛋 白 酸排列中，它们的空问结构分主链与侧链的二个结 质的一级结构被测定出来．但对于蛋F1质侧链的结 构层次，其主链 由N原子与二个 c原子交替排列而 构预测方法还主要集 中在单个氨基酸残基的侧链 成，在生物学中把第一个 C原子称为 C— 原子，我 结构上，为了能够更有效的分析和预测蛋 白质的空 们记之为A原子，因此蛋 白质主链是南N，A，Cj 间结构，沈世镒教授提f}J了一种分析多个氨基酸残 原子交替排列组成．与主链相连的是不同氨基酸侧 基fJ!!Ij链空间结构的方法：通过对侧链 L碳原子间距 链 ，生物学中把氨基酸侧链上与主链 c—d原子相 离的统计 ，分析不同位置 、不同氨基酸残基类型对 连的c原子称为CB原子．图 l是相邻的3个氨基 侧链空间结构的影响． 酸(■联子 )示意图． rR 1 数据挖掘 蛋白质都是由氨基酸构成的．目前已知的氨基 Nl 酸已经超过 l)【(】种，但在生物体内作为合成蛋广1质 的原料的只有 20种．分别是： Ala，Arg，Asn，Asp，ys，Gln，Glu，Gly，His，IJe， rR夕 Ieu，IJys，Met，Phe，Pr()，Ser，Thr，Tp，I、vr，Va1． 图1蛋白质主链与侧链原子结构示意图 蛋广{质一级结构指的便是蛋fL1质多肽链中氨 基酸的排列顺序．同时肽链在空问又卷曲折叠成为 本文讨论的就是在蛋 白质序列中，相邻与次相 特定的 维空间结构，具体包括：二级结构、超二级 邻氨基酸 cB原子问的距离与蛋 白质一级结构 、二 结构、结构域 、一i级结构和