构建系统发生树后缀表示的蚁群算法.pdfVIP

Compu~rEngineeringandApplications计算机工程与应用 构建系统发生树后缀表示的蚁群算法 张宏彬 ，郭 静 ，‘王 超 ，陈 岐 ZHANG Hongbin ，GU0 Jing，WANG Chao，CHEN Ling。 1扬州工业职业技术学院 电：r-q~息工程系，江苏 扬州 225127 2．扬州大学 信息工程学院，江苏 扬州 225009 3．南京大学 软件新技术国家重点实验室，南京 210093 1．DepartmentofElectronicand Information Engineering，Yangzhou Polytechnic Institute，Yangzhou，Jiangsu 225127，China 2．CollegeofnIformation Engineering，YangzhouUniversity，Yangzhou，Jiangsu 225009，China 3．NationalKeyLabofNovelSoftwareTechnology，NanjingUniversity，Nanjing210093，China ZHANG Hongbin，GUO Jing，WANG Chao，eta1．Phylogenetictree constructing algorithm based on suffix representation． ComputerEngineeringandApplications．2011。47(32)：159-162． Abstract：Aphylogenetictreeconstructionmehtodbasedonsuffixrepresentation(SR-PTC)ispresented．nI thisalgorithm，ants search in hte collection containing speciesand the internalnodes，and constructa suffix representation sequencewhich corre— sponding to aphylogeneticrtee．In htismehtod，ants selectdifferentnodeswiht differentprobability and form aphylogenetic rteerepresented by suffix representation．Furthemr ore，the pheromoneOlleach edge isupdated according to thefitnessvalue ofhtephylogenetictree．Experimentalresultsshow htathtismehtod can obtain hJIgh accuracyresults，high convergence speed． Keywords：phylogenetictree；antcolonyalgoritmh ；suffix representation；rtaverse；pheromone 摘 要：提出一种基于后缀表示的构建系统发生树的蚁群算法(SR．PTC)，该算法用蚂蚁访问物种集合以形成一个对应最优系统 发生树的后缀表示序列。为构成一个合法的系统发生树的后缀表示，蚂蚁对 内部结点的选择要受到限制，分别为叶结点和内部 结点设置两个不同的选择概率，并用赌轮盘选择方法来决定两种结点的选择。另外，在信息素更新时，加入当前树的评价值来影 响蚂蚁的运动方向。实验结果表明，此方法能得到较为准确的拓扑结构，在物种数 目较小时可以较快地得到结果。 关键词：系统发生树；蚁群算法；后缀表示；遍历；信息素 DOI：10．3778／j．issn．1002．8331．2011．32．046 文章编号：1002。8331(2011)32．0159．04 文献标识码：A 中图分类号：TP301 1 引言 长度对应于时间评估 。系统发生树中的叶子结点，被称作分 系统发生分析问题是指根据现有生物基因或物种多样性 类单元，通常表示一个对象(蛋白质、物种等)的集合，是一项 来重建生物的进化史，系统发生树是描述一群有机体发生或 研究中被选定的基本单位。分枝点通常称为假定分类单元， 进化顺序的拓扑结构n，它是生物信息学中一个非常重要的问