大数据：微生物组学及其他生物医学领域的机遇与挑战.pdfVIP

J South Med Univ, 2015, 35(2): 159-162 doi 10.3969/j.issn. 1673-4254.2015.02.01 ·159 · 述评 大数据大数据：：微生物组学及其他生物医学领域的机遇与挑战微生物组学及其他生物医学领域的机遇与挑战 徐振江 科罗拉多大学生物前沿研究所，美国 博尔德 80303 摘要：随着高通量技术的发展，生物数据大爆发式地增长。如何有效地利用生物大数据成为现代生物学的机遇和挑战。大数据 和传统数据相比，呈现出很多不同的特点，包括常被提到的3个v （volume, variety, velocity 即数据量的巨大、数据类型的多样和 数据采集和处理的快速）。本文针对生物医学研究，详细介绍了大数据的杂乱性、可重复利用性、开放性等几个特点。同时结合 微生物组学在元分析方面的最新进展，并用实例来阐述了我们在大数据采集方面应该有前瞻性的考虑，提出了在数据管理上如 何保护隐私的挑战，探讨了对大数据进行分析的工具和方法。 关键词：大数据；微生物组学；生物医学；高通量技术；多样性；杂乱性；可重复利用性；开放性 Big Data ：the great opportunities and challenges to microbiome and other biomedical research XU Zhenjiang Biofrontiers Institute, University of Colorado, Boulder, CO 80303, USA Abstract: With the development of high- throughput technologies, biomedical data has been increasing exponentially in an explosive manner. This brings enormous opportunities and challenges to biomedical researchers on how to effectively utilize big data. Big data is different from traditional data in many ways, described as “3Vs”- volume, variety and velocity. From the perspective of biomedical research, here I introduced the characteristics of big data, such as its messiness, re- usage and openness. Focusing on microbiome research of meta- analysis, the author discussed the prospective principles in data collection, challenges of privacy protection in data management, and the scalable tools in data analysis with examples from real life. Key words: Big Data; microbiome; biaomedical; high-throughput technology; variety; messiness; re-usage; openness 随着信息化时代的到来，我们在生活的方方面面都 在生物医学方面，随着高通量技术的开发，例如 积累了大量的数据。所谓大数据（Big Data），不仅仅是 microarray、新一代质谱和测序平台的出现，我们能够方 信息量的巨大，同时也是信息的复杂性和多样性。相对 便地获取大量的各种组学（omics）的数据，使得各大数 于传统的抽样数据，在信息时代以前，由于采样的困难、 据库呈指数级的增长。许多国际合作项目，比如千人基