抗生素发酵过程系统生物学探究.pdfVIP

抗生素发酵过程系统生物学研究 张嗣良 (华东理工大学上海200237) 抗生素作为我国医药生产的大宗产品，在医药产品中占很大的比例，他的生产方法主要是微生 物发酵。随着基因工程技术的进展，人们把抗生素的生产方法归类于传统的生物技术，在菌种改造 上大多采用常规的菌种选育方法，在工业生产上采用的发酵罐体积较大，而且随着工业生产技术的 发展以及降低生产成本的要求，国内最近新投入的抗生素发酵罐的规模和数量越来越大。 因此很有必要对以抗生素为代表的微生物过程优化作深入的讨论，特别是随着生物技术和过程 工程技术的进展，如何以新的观点和方法来研究生物反应器中微生物过程特点就成为重要问题。 1．当前发酵过程研究的局限性 发酵工程作为产业化生产的工业应用，核心的问题就是高效的菌种的获得和过程优化。随着近 代科学技术的发展，特别是生物技术与化学工程研究相结合，生物过程研究有了深入的开展，但是 还存在着理论和方法上的局限性，归纳起来主要表现在以下几点。 (1)作为用于产业化生产的工业微生物，必需具备高生产能力，其中最关键的技术就是如何得到 高产菌种以及相应的过程优化控制技术。但是，由于发酵过程特征数据采集的困难和过程酶学研究 的困难，发酵工艺开发研究时只能采用最佳工艺控制点为依据的静态操作方法，缺乏代谢流变化的 实时分析。也就是把菌体特性与发酵过程特性研究分割开来，所依据的基本思想和方法都是采用传 统的生物学方法或化学工程的宏观动力学的调控方法，这对活体细胞的发酵调控来说存在很多问题。 (2)此外，在深入开展微生物过程研究中如何整体性看待遗传和生理也是很重要的问题。但是， 在现有的生物反应过程研究中往往是先进行遗传育种，然后进行发酵条件优化，在过程中忽略遗传 和蛋白信息流的改变，以及代谢过程中物料流的变化引起的代谢流变化相关联性，也就是说把菌种 改造的基因特性与发酵过程优化研究分割开来。在研究过程中，我们还经常发现虽然在生理学和分 子生物学研究中已发现了大量的生理调控机制，但是由单一生理调控机制出发做出的解释往往缺乏 全局性的概念，只揭示了生理调控的局部和某一时段的特点，因此难于对整个过程控制和优化起决 定性作用。 (3)从发酵过程放大来说，把“放大”分为两个基本问题，其一是发酵条件的研究与设计；其二 是设计满足这些过程条件的反应器。就某种意义上，第一个问题实质上是发酵过程动力学的问题， 第二个是工程水平的传递和混和问题。必须认识到，除非完全以微生物反应动力学与周围环境传递 条件相结合的模型建立，否则过程放大最终还是落实到系统几何相似、流体运动学相似和流体动力 学相似，具体来说有因次分析法、经验法则法、综合机理的数学模拟法以及时间常数法等放大方法。 事实上，要同时满足这些相似条件是不可能的，只要有一个似乎微不足道的因素设有被研究或发现， 就可能成为限制因素，造成过程扰动。于是，发酵过程放大仍旧是一个令人困惑的问题，从摇瓶到 发酵罐的差异，甚至同样的操作条件，只不过从几十升的发酵罐到几十立方米，但结果往往面目全非。 28 2．发酵过程研究多尺度问题研究 发酵过程的细胞反应实质上都是在生物应器装置中进行，影响发酵过程产品生产的有时发生在 反应器的设计和操作上，由此而形成的褚如供氧、剪切或基质供应等问题。而且细胞内基因特性与 转录表述等表型特性也对发酵过程产生影响，因此发酵过程操作与优化不仅仅是细胞内的代谢问题。 这种影响是在不同空间和时间尺寸上发生的，为此，我们提出了发酵过程多尺度的网络结构的复杂 系统问题研究，认为以活细胞为主体的细胞大规模培养的生物反应器过程，有分子尺度的基因的表 达及调控，翻译及翻译后修饰；细胞尺度的细胞代谢调控问题(合成代谢、分解代谢、次级代谢及 其相互关系)；反应器工程介尺度的化学工程三传(动量、质量、热量)问题。存在着生命所特有的 信息流、物质流、能量流或者代谢流的变化，是不同尺度的网络状态。 作为工业化生产，微生物在基因的产品表达或细胞代谢产物只有在生物反应器中大规模进行才 能实施，而细胞内生物反应的微观反应条件的改变又只能通过反应器的设备尺寸的调整或操作条件 的改变才能实现。与所有的过程工业一样，多结构层次的复杂体系最主要的特征就是具有“变化着 的结构”，随着尺度变化，导致反应系统内部结构的复杂变化和物质转化行为的剧变，因此，这种设