模型的完整性对自然群体中关联分析影响的模拟的研究.pdfVIP

第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集 模型的完整性对自然群体中关联分析影响的模拟研究 刘文忠，杨琳，刘建华，乔利英 山西农业大学动物科技学院，太谷030801 关键词：关联分析；自然群体；模型完整性；模拟；断奶重 引言 关联分析是研究群体中分子变异与表型变异之间的相关关系，发现和定位基因以及对基因进行功能分析 的基本工具。但该方法也因缺乏可重复性而引起许多争议。原因可能很多，但与对性状的认识程度及其分析 模型的合理性有着密切的关系。本研究拟以绵羊为例，模拟含数量性状基因座(QTLs)信息的绵羊断奶重数 据，配合不同线性混合或固定模型，进行QTL与性状的关联研究，以分析各种遗传和环境效应的缺失对自然 群体中关联分析的影响，从而为实际关联研究提供理论依据。 材料与方法 以绵羊断奶重为例，模拟一个群体规模为5000的含有3个QTLs信息的自然群体。其中，系统环境因素包括 为表型标准差。根据对绵羊断奶重有关遗传参数的meta分析结果，设置性状的遗传和环境方差．协方差。所有 因型的效应，以考察模型的完整性，即不同效应的缺失对关联分析的影响。 结果 随机遗传效应的缺失可导致效应较小的QrL的基因型效应低估，而效应较大QTL的基因型效应高估。随 机环境效应的缺失使得中等效应QTL的各基因型效应高估。随机遗传和环境效应的联合缺失对关联分析结果 影响的基本趋势是：较小效应QrL的各基因型效应低估，中等效应QTt,的各基因型效应高估，而较大效应QTL 的各基因型效应变化不大。效应较小的固定遗传(QTL)效应的单独和联合缺失使得较大效应QTL的基因型 效应偏高，而后者的单独和联合缺失则导致前者的基因型效应显著提高。无论在全混合模型，还是在全固定 模型下，对性状影响显著的系统环境因素的缺失对关联分析结果影响显著。本研究中，出生年份的单独和联 合缺失导致较小效应QrL的总体效应显著高估，效应中等和较大QTLs的总体效应显著低估，甚至出现负值。 讨论 从理论上来说，固定模型中所包含的有关效应不能够完全解释较大的表型变异，因而由此得到的关联分 析结果值得商榷。这也可能是造成关联分析结果重复性较差的主要原冈。本研究中，随机遗传和环境因素的 缺失所产生的关联分析结果充分说明了配合混合模型的重要性。因数量性状受遗传和环境共同决定。关联分 析中至少应将个体的加性遗传效应包含在混合模型中，即配合动物模型进行关联分析是适宜的。如果性状还 受其他随机遗传和环境因素，如母体加性遗传效应、个体或母体永久环境效应，也必须将其纳入分析模型中。 如果性状还受其他候选基因或QTLs的影响，分析模型中如果不考虑这些固定遗传效应，也可以导致结果的差 异。对于系统环境因素记录不全的自然群体或对这些因素考虑不周时，可以导致不合理甚至是错误的关联结 果。因此利用有控制的试验群体并充分考虑系统环境因素进行关联分析是完全必要的。 致谢 1029)资助。 (2008BADB2804—8)和山西省科技攻关项目(编号：01 一34—