强直性脊柱炎患者16号染色体区域遗传易感位点的大家系全基因组测序验证及筛选.pdfVIP

第 36卷 第 1期 中山大学学报(医学科学版) VoI．36 No．1 2015年 1月 JOURNALOFSUNYAT-SENUNIVERSITY(MEDICALSCIENCES) Jan． 2015 强直性脊柱炎患者 16号染色体区域遗传易感位点的大家系 全基因组测序验证及筛选 吕 青，李秋霞，郑栩琪，林智明，曹双燕，廖泽涛，魏秋静，祁 军，方霖楷，古洁若 (中山大学附属第三医院风湿免疫科，广东 广州510630) 摘 要：【目的】前期家系GWAS非参数分析结果提示在 16号染色体chrl653825488，LOD=1．656。我们选择 一 个大的中国汉族强直性脊柱炎家系，采用全基因组外显子测序进一步验证和筛选该区的疾病易感基因位点。 【方法】选 取一个具有47个成员的5代中国汉族强直性脊柱炎大家系，其中先用家系中3名患者(1名男性，2名女性，分属 3代)的基 因组 DNA进行外显子区高通量测序；对于初筛的外显子组测序后所得到的SNP位点进行全家系成员验证 ，并进行家系患者 和非患者成员间比较，及与健康人群数据进行比较。结【果】通过对数据所进行的分析，发现在16号染色体强直性脊柱炎关联 区域三个样本共有SNP165个。对上述 165个SNP进行初步筛选后，对其中的位于 15个基因的29个SNP位点，在 1个As患 者和 1个非As患者中进行初步验证 ，进而在上述关联区域内得到 5个在家系As患者和其他非As患者间差异有显著性的 SNP位点rrrrs8043751(P0．05)，位于ABCC11基因。【结论】该家系研究提示 在 l6号染色体区域的ABCC11基因变异可能与AS易感性相关，值得扩大样本进一步研究。 关键词：强直性脊柱炎：外显子测序；易感基因 中图分类号：R593．23 文献标志码：A 文章编号：1672—3554(2015)01—0033—09 RegionofChromosome16AssociatedwithGeneticSusceptibilityofAnkylosingSpondylitis： ExomeSequencingandValidationStudyofA Family LVQing，LIQiu-xia，ZHENGXu-qi，LINZhi—ming，CAOShuang—yan，LIAOZe—tao，WeiQiu—jing，QIJun， FANGLin-kai，GUJie—ruo (DepartmentofRheumatology，TheThirdAffiliatedHospitalofSunYat—SenUniversity，Guangzhou，Guangdong510630) Correspondingauthor：GUJie一1110，E—mail：gujieruo@163．corn Abstract：【Objective]ThisresearchselectedaChineseHanfamilyassubject．Thecandidateregionwaschrl6 LOD=1．656，whichwasf0undbyGWAS．Threefamilymemberswasincludedintheexonsequencing(onemaleanthree female，andbelongstothreegeneration)．SNPswereannotated，andvalidatedbySangersequencingtofindsusceptiblegeneofAS． M【ethod】Thisresearchincludedthreefamilymembersintheexonsequencing (onemaleanthreefemale，andbelongstothree generation)．Sequenceallofcandid