荨麻科植物DNA条形码的筛选.pdfVIP

南方农业学报 JOURNALOFSOUTHERNAGRICULTURE 2014，45(2)：178—183 ISSN2095—1191；CODEN NNXAAB http：／／www．n~yxb．cn DOI：10．3969／j：issn．2095—1191．2014．2．178 荨麻科植物DNA条形码的筛选 侯新东，韩大永 ，曾 莉，邢婷婷 (中国地质大学 环境学院，武汉 430074) 摘要：【目的】评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力，为荨麻科植物鉴定提供参考。【方法 】使用 ITS、mat／{、cL和psbA，nnH序列的通用引物对荨麻科植物进行PcR扩增和测序，比较各序列的扩增效率、测序成功 率，分析获得序列的碱基组成及变异，比较种间和种内变异的差异 ，并对条形码间距进行评估。【结果 】psbA—trnH序列 在荨麻科植物13个种3O个样品中的扩增成功率最高(100．0％)。psbA．tmH的有效序列获得率最高，为95．4％，ITS为 92．3％，rbcL为90．1％，marK为零。ITS序列种间遗传距离范围为0～0．508，psbA．tmHJ芋列为0～0．522，rbcL序列为0～0．532。 ITS序列在种间、种 内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA一咖H具有更明显的优势。ITS序列构建的系统发育树中 不同物种形成单系分支的百分比最高，其次为psbA．tmH、rbcL~jU。聚类结果表明，MP法的聚类效果最好，其次为 UPGMA法、ML法，NJ法最不理想。【结论】荨麻科植物种间变异明显大于种内变异，DNA条形码适用于荨麻科植物种 水 r的鉴定 ；3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别 不同种类的荨麻科植物，ITS、rbcL与psbA—trn舸 作为鉴 别荨麻科植物的DNA条形码序列组合。 关键词：荨麻科植物；DNA条形码；ITS；rbeL；psbA—trnH；marK 中图分类号：Q78；Q949 文献标志码：A 文章编号：2095—1191(2014)02—0178—06 ScreeningpotentialDNA barcoderegionsforUrticaceaeplants HOU Xin-dong，HANDa-yong，ZENGLi，XING Ting—ring (SchoolofEnvironmentalStudies，ChinaUniversityofGeosciences，Wuhan430074，China) Abstract：0【 ective】Identificati0nabilityofDNAbarcodesequencesforUrticaceaeplantswasevaluatedtoprovideref- ereneesofrUrticaceaeplantsidentification．[MethodlDNArfagmentsof4hotregions(ITS，matK，rbcLandpsbA—trnH)were amplifiedbyPCRandsequencedusinguniversalprimersfrom UrticaceaefamilytocomparePCRamplificationefficiencyamt sequencingsuecessrate．Thenucleotideconstitutionandmutationofsequenceswereanalyzedtocompareinte andintraspe— cificdivergencesandestimatebarcodinggap．R【esult]psbA—trnH regionhadthehighestamplificationefficiency(100．0％) in30plantsamplesbelongingto13Urticaeeaespec