从福尔马林固定-石蜡包埋样本中抽提RNA的方法与可行性.pdfVIP

床与实验病理学杂志 JClinExpPathol2013Mar；29(3) ·301· 从福尔马林 固定一石蜡包埋样本 中抽提 RNA的方法与 可行性 朱 萌 ，张 宁 ，任牡丹 ，卢新兰 ，和水祥 摘要：目的 探讨从福尔马林固定一石蜡包埋(formalin—fixedparaffin—embedded，FFPE)组织中抽提RNA的可行性和有效性。方 法 收集 胃癌和癌旁FFPE样本各41例 ，10txm厚连续切片3张，采用蛋白酶消化盐析法抽提纯化 RNA，检测提取RNA的产 量和质量并分析其应用价值。结果 41对胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度为 1．578～3．175，平均2．022±0．190，其 中癌组织为 1．578～3．175，平均2．033±0．240，癌旁组织为 1．726～2．329，平均2．011±0．123；RNA浓度为(26．8—1087)ng／ l，平均(267．0624-210．435)ng／txl，其中癌组织为(50．5～1087)ng／l，平均(336．5±228．927)ng／Ix1，癌旁组织为(26．8～ 820)ng／Ixl，平均(197．62±165．47)ng／Ixl；琼脂糖凝胶电泳条带弥散分布，约300bp；胃癌和癌旁RNA的纯度比较P=0．564， 尚不能认为胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的RNA纯度有不同，但浓度比较P=0．001，可认为 胃癌和癌旁FFPE样本中抽提的 RNA浓度有所不同，癌组织中较高。结论 从FFPE样本中抽提的RNA在不可避免地出现降解的情况下仍然具有很高的纯 度和合适的浓度 ；在确保扩增产物大小处于一定范围内的前提下从FFPE样本中抽提的RNA具有可以满足下游应用的纯度、 浓度和完整性 ；建立从 FFPE样本中抽提 RNA的方法在各种影响因素符合要求后完全可行。 关键词 ：福尔马林固定一石蜡包埋；RNA抽提 ；方法 中图分类号：R331 文献标志码：A 文章编号：1001—7399(2013)03—0301—05 Studyofmethod andfeasibilityforextractingRNA from formalin—fixed paraffin-embedded samples ZHU Meng ，ZHANG Ning，REN Mu-dan ，LU Xin—lan ，HEShui—xiang (DepartmentofGastroenterology，theFirstAffiliatedHosptialofMedicalCollegeofXi’anJiaotongUniversity，Xi’an 710061，Chi— na；DepartmentofPathology，GeneralHosptialofNingxiaMedicalUniversiy，Yinchuan 750004，China) Abstract：Purpose ToinvestigatethefeasibilityandvalidityofRNAextractionfrom formalin—fixedparaffin-embedded(FFPE)tis— sues．Methods FFPEsamplesfrom41casesofarchivedgastriccarcinomaandadjacentparacanceroustissueswerecollected，serial sectionof10 m thickwascut3slices，proteasedigestionsalting—outmethodwasusedtoextractandpurifyRNA，theyieldandquality ofRNA weredetectedtoanalyzeitsapplicationvalue．Results ThepurityofRNA extractedrfom 41couplesofgastriccancerandad— jacenttissueFFPEsampleswasbetween1．578～3．175withanaverageof2．022±0．190．Cancertissuewasbetween1．578—3．175 withanaverageof2．033±0．240．adjacenttissuewasbetween1．726～2．329withanaverageof2．011-40．123．RNAconcentration wasbet