随著大型基因体计画的进展,大量的生物资料使我们得以更宏.pdfVIP

摘要 隨著大型基因體計畫的進展，大量的生物資料使我們得以更宏觀的角度了解 生物問題。而在高通量量測技術中，基因晶片的發展更是近十幾年來應用在基因 表現量測的利器。然而從大量的基因表現數據萃取出生物訊息的過程中，往往得 先克服許多困難，譬如量測系統的穩定性與可靠性，生物樣品本身的變異與多樣 性，以及大量資料的複雜度。如何提升基因晶片分析的可靠性，以及運用現有的 分析與注釋工具統整大量資料，以歸納出資料所指出生物現象，就成了運用基因 晶片這一利器所必須克服的問題。本論文利用自家點印的基因晶片探討人類細胞 的抑癌機制在受到多瘤病毒 SV40轉化後的改變，以及蒐集大量的 Affymetrix 基 因晶片資料，以總體分析法 (mata-analysis)重新鑑定人類持家基因與組織特異基 因的成員與功能。這兩個研究主題同樣循著資料的品管與歸一化得到可靠的量測 數值，再依據生物問題設計統計方法與運用生物注釋工具，得到生物結果與拓展 新的研究方向。期望從中歸納出的分析概念能有助於之後轉錄體相關的研究，以 及應用在其他類型的高通量量測技術，以利功能性基因體學的進展。 多瘤病毒 Simian virus 40 (SV40)有能力促使細胞走向癌化，而與其相關的研 究成為了近代我們對癌症形成機制的知識基礎。我們運用自家點印的雙色基因晶 片，比較了人類肺部纖維母細胞 MRC-5 以及其受到 SV40轉化後的細胞株 MRC5CVI ，在受到 UVB 照射以後基因表現的改變。我們先以 functional enrichment analysis總覽兩株細胞在照射 UVB 以後基因表現的改變，接著我們用 expressional correlation的方法從兩組基因晶片實驗篩選出 13個表現歧異基因。 最後以 cell cycle analysis 與 cell death assay驗證基因表現數據所指出的 SV40轉 化對抑癌機制的影響。結果發現 MRC5CVI 失去調控 chromosome condensation 、 DNA repair 、cell cycle arrest ，以及apoptosis 等相關基因，但保有在受到輻射照 射以後上調 oxidative phosphorylation相關基因表現的能力。然而 MRC5CVI雖然 無法調控 apoptosis 基因的表現，在照射 UVB 以後的細胞死亡狀況卻顯著地比 I MRC-5 來得高，此一結果與過去研究認為癌化細胞對輻射照射的敏感度較低的 認知不同，也指出 MRC5CVI可能透過 transcription-independent的機制走向細胞 死亡。後續研究 SV40轉化細胞對輻射的敏感度，將可進一步了解敏感化癌症細 胞的分子生物學基礎，以提供癌症放射治療新的方向。 從人類基因中鑑定出持家基因 (housekeeping gene, HK gene)與組織特異性基 因 (tissue-selective genes, TS gene)可以幫助之後基因功能研究的進展，以及組織相 關疾病的了解。然而之前的研究侷限於能夠獲取的正常人類組織基因表現的資料 不足，使得篩選出來的 HK 與 TS genes 缺乏代表性，也間接導致後來關於這兩 2 種基因結構研究的矛盾。我們利用實驗室架構的基因晶片資料庫 M DB ，匯整出 跨越 104 組實驗、43種人類組織，總計 1431筆 Affymetrix 基因晶片原始資料以 進行總體分析。除了發展出新的數值與方法來評估基因表現與探討過去研究的優 缺點，並指出對於每一種組織，至少需要 10個以上的樣本才能明確地鑑定組織 的轉錄體。基於這些進展，我們鑑定出 2,064個 HK genes 與 2,293個 TS genes ， 並以 functional enrichment analysis 探討這些基因的功能。結果顯示 HK genes 與 重要的基礎細胞功能有關，而 TS genes則與相對應的組織功能