乳酸菌基因组学的研究进展.pdfVIP

中圜畜牧兽医学会信息技术分会2011年学术研讨会 乳酸菌基因组学研究进展 刘 辉6，季海峰，单达聪，王四新，王 晶，张董燕，王雅民，侯成立 (北京市农林科学院畜牧兽医研究所，北京100097) 摘要：乳酸荫基因组学的研究有助于揭示乳酸菌的遗传和代谢机制，通过分析相关功能基因与益生功能的联系，能 够充分发挥乳酸菌应片J潜力。本文就乳酸莳基因组基本特征、代谢特点、重要功能基因、乳酸菌的比较基因组学进 行了综述。 关键词：乳酸菌；基因组；基本特征；代谢特点；功能基因；比较基因组学 乳酸菌是一类发酵糖类以乳酸为主要代谢终产物的兼性厌氧细菌的总称，根据代谢产物的种类 可分为同型发酵乳酸菌和异型发酵乳酸菌(张文羿等，2008)。乳酸菌在细菌分类学上划分为23个属， 包括乳杆菌属、乳球菌属、肠球菌属、双歧杆菌属、片球菌属、链球菌属等。乳酸菌是动物胃肠道 的正常菌群，能够代谢产生乳酸、乙酸、细菌素等活性物质，抑制有害菌繁殖，调节消化道微生态， 为了发挥乳酸菌在畜禽养殖中的应用潜力，早期乳酸菌的研究工作多集中于菌种的分类和菌株 的筛选，并通过构建动物模型对部分益生特性进行验证。随着分子生物学理论和生物技术的发展， 逐渐转向对乳酸菌分类鉴定、基因功能及其代谢途径进行分析研究。采用全基因组鸟枪法测序的方 年11月共有22株乳酸菌全基因组完成全序列测定，涵盖了6个属，即乳杆菌属、片球菌属、明串 casei 珠荫属、酒球菌属、乳球菌属、链球荫属。2008年7月2日，干酪乳杆菌(LactobacillusZhang) 基因组测序的全基因组序列测定分析全部完成，这是中国完成的第一个乳酸菌基因全序列测定，标 志着我国在乳酸菌基因组学研究的方面达到国际先进水平。 1乳酸菌基因组基本特征 分析乳酸菌的基因组数据发现，不同种类的乳酸菌基因组全长约为1．8～3．2Mb，只有植物乳 从1．9到242 等，2002)。明串珠菌ATCC8293和部分乳杆菌细胞中有质粒出现，德氏乳杆菌和大多数嗜热链球菌 细胞中没有质粒。 不同种之间基因数目从1600到3000个不等。基因数目差异表明乳酸菌处于一个动态的进化过 菌全基因组的研究结果提示，由于乳酸菌通常生活在丰富的营养环境中，促进了一些菌种基凶组的 简化和退化，尤其是糖代谢、摄取和发酵相关的基因的衰退。 ‘作者简介：刘辉，1978年9月生，男，助理研究员，硕士，研究方向：益生菌的研究与开发。 论文集 所有乳酸菌都含有假基因。假基因的数目变化很大，在肠膜明串珠莳中20个，而嗜热链球菌含 乳酸菌中含有转座因子一插入序列，大小一般为750—2500bp，数量由格氏乳杆菌基因组O．2％ 到乳酸乳球菌乳脂亚种的5％，说明这些菌有较高的遗传可塑性(Makarova等，2006)。 2乳酸菌基因组的代谢特点 不同乳酸菌所含酶系不同，代谢途径及形成的最终产物也不同，因此通过对一些乳酸前进行基 因组测序可以发现一些新的代谢途径。乳酸菌主要通过厌氧糖酵解途径来获取能量，但在乳酸乳球 菌ILl403基因组中还编码有氧呼吸的酶类，这也表明可能有其它产能的代谢途径(B010tin等， 1999)。嗜酸乳杆菌、约氏乳杆菌、保加利亚乳杆菌基因组中都不存在丙酮酸盐复合物体系，也不编 码可以在厌氧条件下直接能够以丙酮酸盐为底物产生乙酰辅酶A的酶类，而植物乳杆菌拥有完善的 乳球菌和植物乳杆菌基凶组中都缺乏完整的柠檬盐循环(Pfe订er等，2007)。在鉴定为亲缘关系较 远的乳酸菌中，植物乳杆菌、乳酸乳球菌和嗜热链球菌在不同碳源的生长环境中，却有着类似的碳 代谢蛋白响应机制(Bogaard等，2000)。 全基因组分析结果显示，植物乳杆菌基因组编码有大量的磷酸转移酶系及其它的糖转运系统相 氏乳杆菌、格氏乳杆菌及球菌类群中的乳酸乳球荫也存在类似比例编码基因，仅有为数不多其它类 型的转运系统。对于嗜酸乳杆菌，乳糖和半乳糖是由半乳糖苷酶通透酶转运到胞内，但基因组中仅 发现3个对麦芽糖和低聚果糖有潜在转运作用的基因。这也符合保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌等同 型发酵乳酸菌在进入酵解之前，单糖一般都要进行磷酸化，并且由磷酸转移酶系统使单糖转移进人 细胞的事实。而一些异型发酵乳酸菌，如肠膜明串珠菌、短乳杆菌和嗜热链球菌等单糖则是在乳酸 透性