人CD44新剪接变异体克隆及分析.pdfVIP

维普资讯 · 1734· 国病理生理杂志 ChineseJournalofPathophysiology 2008，24(9)：1734—1737 [文章编号] 1000—4718(2008)09—1734—04 人 CD44新剪接变异体克隆及分析 向 秋 ， 何晓松 ， 朱 华 ， 雷 迅 ， 凌月福 ， 肖胜军 ， 范才文 ， 黄岚珍 ， 王建红 (桂林医学院 生物技术重点实验室 ，耳鼻喉科 ，病理学科 ，广西 桂林 541004) [摘 要] 目的：应用逆转录多聚酶链式反应(RT—PCR)分析CD44在鼻咽癌组织和鼻咽癌细胞株中表达 ， 来寻找新的人CD44剪接变异体。方法：在CD44基因起始和终止密码子两端及变异剪接外显子 vl0中和剪接位点 处设计特异性引物，以鼻咽癌组织 、细胞株5—8F和HNEIcDNA为模板进行 RT—PCR扩增，产物测序。然后，应 用生物信息学对克隆序列进行分析。结果：新克隆的CD44剪接变异体有 1634bp，包含一个完整的阅读框，起始密 码子在序列的12位，终止密码子在序列的1301位；可变剪接区只有变异型剪接外显子 10，预测编码429氨基酸。 GenBank登陆号：EF581837。结论：一个新的、预测编码429个氨基酸的CD44剪接变异体存在于研究 的人鼻咽癌 组织和细胞株中，它的功能有待于进一步研究。 [关键词] CD44；剪接变异体 ；鼻咽肿瘤 [中图分类号] R363 [文献标识码] A Cloningandanalysisofanovelhuman CD44 variant XIANGQiu，HEXiao—song，ZHUHua，LEIXun，LINGYue—fu，XIAOSheng— jtill，FAlNCai—well，HUANGLan—zhen，WANGJian—hong (KeyLaboratoryofBiotechnology，Departmentof Otolaryngology，DepartmentofPathology，GuilinMedicalCollege， Guilin541004．China．E—mail：kexue@glmc．edu．ca) [ABSTRACT] AIM：TodetectunknownCD44variants(CIM4v)innasopharyngealcancerbyusingreversetran— scription—polymerasechainreaction(RT—PCR)toanalyzetheexpressionofcelladhesionproteinCD44geneinnasopha— ryngeal cancertissueandcelllines．METHODS：Specificprimersatup startcode，downterminal codeofCD44 and primers atthemiddle，splicingpointsofvariablesplicingexonvl0ofCD44weredesigned．cDNAofnasopharyngeal cancer tissues．5—8FandHNE1celllineswereanalyzedbyRT—PCR．ProductsofRT—PCR weresequencedandfurtherana— lyzedbybioinfomr atics．RESULTS：Thenew CD44vsequencepossessed 1634bp,withacompletedopenreadingflame． Thestartcodewasat12bpsiteandtemr inalcodeat1301bpsite．Itwaspredictedtocode429aminoacids，andonlyvari— ablesplicingexon 10existedintheflexibleregion．ItwasgivenanaccessiblenumberEF581837byGenBank．