应用基因芯片筛选胃癌淋巴转移相关基因及TLN1的初步研究.pdfVIP

中国病理生理杂志 ChineseJournalofPathophysiology 2009，25(7)：1271—1278 · 1271 · [文章编号] 1000—4718(2009)07—1271—08 应用基因芯片筛选 胃癌淋 巴转移 相关基因及 TLN1的初步研究 张 黎 ， 赵仲生 ， 马 杰 ， 茹国庆 ， 董来华 (浙江绍兴文理学院附属医院病理科 ，浙江 绍兴 312000；浙江省人民医院病理科，浙江 杭州 310014) [摘 要] 目的：应用基因表达谱芯片筛选 胃癌正常胃黏膜、胃癌原发灶和淋 巴结转移灶的差异表达基因， 并结合生物信息学方法筛选 胃癌淋巴结转移相关基 因，探讨TLN1与胃癌淋巴结转移的关系。方法：应用 Mfy． metrix芯片筛选癌旁正常 胃黏膜(A组)、胃癌原发灶 (B组)和淋巴结转移灶 (C组)的差异表达基因，利用队列试 验的基因表达谱分析、基于聚类分析结果的基因功能(基于GeneOntology分类)集群分析和Pathway分析等生物信 息学方法对结果进行分析 ，并用RT—PCR检测TLN1在 胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况。结果：A、B、C3 组呈连续上调的差异表达基因278个，其功能主要集中在免疫应答、细胞黏附、磷酸盐转运、阴离子转移、细胞趋化 和移动、信号转导等方面；连续下调的387个基因其功能主要集中在消化、糖类代谢、脂质代谢 、蛋 白代谢 、一氧化 氮复合物代谢、一氧化碳复合物代谢、细胞黏附等方面。Pathway分析显示在整合素介导的细胞黏附信号通路异常 激活，THBS1、TLN1、CAPN3、ITGAX、SORBS1、CAPN6、CAPN9在 3组中呈连续梯度改变。TLNI在癌旁非肿瘤 胃黏 膜、胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达量分别为：0．0000342-4-0．0000711、0．1064±0．1251和0．2886±0．3529；在 胃癌 淋巴结转移灶显著高表达 (P0．05)。结论：基因芯片技术结合生物信息学方法筛选 胃癌淋巴转移相关基因，有助 于找到胃癌淋巴道转移的关键基因或通路 ，为寻找肿瘤淋巴道转移的早期诊断指标及新的治疗靶点奠定了实验基 础，本研究结果初步表明在整合素信号通路中扮演重要角色的TLN1基因异常表达与胃癌淋巴结转移密切相关 。 [关键词] 胃肿瘤 ；基因，TLN1；肿瘤转移；基因表达芯片 [中图分类号] R363 [文献标识码] A Screeningmetastasis——associated genesofgastriccarcinomaby gene-— chip assayand．primarydetectingtheexpression ofTLN1 ZHANGLi，ZHAOZhong—sheng ，MA Jie ，RUGuo—qing ，DONGLai—hua (DepartmentofPathology，TheAffiliatedHo~italofShaoxingUniversity，Shaoxing312000，China；Departmentof Pathology，ZhejiangProvincialHospital，Hangzhou310014，China．E—mail：zhwerv813@hotmail．corn) [ABSTRACT] AIM：Toscreenthegeneexpressionprofilesofnormalgastricmucosa，primarygastriccancerand metastaticlymphnodesbygeneexpressionmicroarrayandtheassociatedgeneswithlymphnodemetastasisbybioinfomr at- ics．METHODS：Thedifferentiallyexpressedgenesofnontumorousgastricmucosa(groupA)，primarygastriccancer (groupB)andmetastaticlymphnodes(groupC)werescreenedbygeneexpressionmicroar