用于生理组学协同研究的跨层次建模标记语言（M3L）.pdfVIP

第 9卷 第 1期 生 物 信 息 学 Vo1．9No．1 2011年 3月 ChinaJourna1ofBioinformatics Mar．，2011 doi：10．3969／j．issn．1672—5565．2011．01．012 用于生理组学协 同研究的跨层次建模标记语言 M3L 韩 道 ，明 星 ，李胜辉 ，刘 谦 华 中科技大学武汉光电国家实验室 筹 ，BrittonChance生物医学光子学研究 中心 ，武汉 430074 摘 要：根据生理组学多领域多层次协同研究的需求，针对中国生理组学研究的特点，设计 了一种跨层次建模标记语言 Mul— tiscaleModelingMarkupLanguage，简称M3L ，规范研究过程中的信息描述方法，实现 了数学模型和计算数据的开放式共享和 重用。M3L包含结构化模型机制、数据存档机制、信息交互与重用机制、数学描述机制、可视化模型及附件描述机制。M3L中 针对人体和小动物解剖结构数据的特殊设计实现了结构与功能信息的关联，促进 了中国生理组学研究中模型和数据的标准 化描述；M3L以跨层次结构化的方式描述模型，符合生理组学研究模型的特点，满足了协同开发的需求。 关键词：生理组学；标记语言；协同研究；跨层次建模；数字化虚拟人 中圈分类号：R322 文献标识码：A 文章编号：1672—5565 2011 一叭 一o46—04 TheM ultiscaleM odelingM arkupLanguage forCollaborationResearch ofPhysiome HANDao，MINGXing，LISheng—hui，LIUQian BrittonChanceCenterforBiomedicalPhotonics，WuhanNationalLaboratoryforOptoelectronics， HuazhongUniversityofScienceandTechnology，Wuhan430074，China Abstract：Accordingtotherequirementsofmultidisciplinaryandmultiscalecollaborationresearchofphysiome，the MuhiscaleModelingMarkupLanguage M3L isdesignedtostandardizethemethodofinformationdescription．U- singtheM3L，thesharingandreuseofmathematicalmodelsandcomputationaldatahasbeenachieved．Themech- anism ofM3Lconsistsofmodelstructuring，dataarchiving，informationexchangingandreuse，descriptionofmath- ematicalalgorithmandvisualizationfilesandothersoutcomes．ThespecialdesigningintheM3Lforanatomicaldata ofhumanandsmallanimalshasconstructedtheconnectionbetweensturcturalandfunctionalinformationandfacili． tatedthe standardized description ofmodelsand data in Chinesephysiomeresearch；thedescription ofmodels whichismultiscaleandsturcturizedusingtheM3Lmeetsthecharacteristicsofmodelsandcollaboration develop- mentinphysiomeresearch． Keywords：OpenInventor，GHOSTSDK，hapticdisplay，virtualreality 随着生命科学和信息科学的迅速发展，上世纪 和平台得到了不断完善和扩展，为构建跨领域跨层 九十年代提出的生理组学研究已取得了许多重要成 次的生理模型提供了必要基础 。 果。国际生理学科学联合会首次提出并实施了人体 生理组学研究一方面对生理过程进行定量描 生理组学计划 PhysiomeProject …，华盛顿大学建 述 ，另一方面建立解剖结构信息与功能信息间的关 立 了美国生理组学计划 USPhysiome ，在欧盟 的 联，并在结构信息的基础上更深入更全面的对生理 资助下欧洲生理组学