功能基因芯片(eoChip)在两种典型环境微生物群落分析中应用的研究.pdf

中南大学博士论文 摘要 摘要 微生物在自然界无处不在，而且其参与并承担着重要的生态功 能，从碳、氮循环，到矿物形成和风化，无一不与微生物相关。但 是，目前，自然界约99％的微生物因有限的培养基和特异的生长条件 而尚未被培养，因此如何准确描述和定量自然环境中的微生物群落及 其同环境因素之间的关系，是环境微生物生态学的重要研究课题之 一。本研究主要以功能基因芯片(GeoChip)在环境微生物群落分析中 应用为研究主线，分别从环境样品DNA的提取与纯化和GeoChip在两 种典型环境微生物群落分析中的应用为支线，对GeoChip在环境微生 物群落分析中的应用展开了一系列的具体研究与探讨。除了GeoCmp 技术，本研究还采用了其他诸如克隆文库、B10LOG、PLFA和土壤呼 吸仪等技术手段作为辅助手段，对研究对象进行了全面的分析与研 究。 本研究的主要结果如下：第一，经过136个土壤样品的纯化测试 表明，本研究改进后的低融点胶纯化环境样品DNA的方法，可以从各 种污染程度的环境样品中获得高质量、大片段(23kb)的DNA，且 均能够用于全基因组放大、标记和杂交；第二，来自三座铜矿山的酸 性矿坑水(acid 单，且不同AMD样品中微生物群落结构差异较大，其中的微生物主要 由仅·，伊和)，批胞D6口c纪，-勿，4c￡幽·6口c胞，．切，彳cf加D6口c纪，．缸，(≯册D． 2．O芯片从AMD生态系统中检测到较 Ⅳf抛印打讼P组成；虽然GeoChip 少的功能基因，但检测到的功能基因几乎涉及到所有的基本生物地球 化学循环过程，而且，多元统计分析表明，AMD中的微生物群落组成 主要受周围环境地化参量的影响；第三，Geochip检测到气候变暖的加 温效应导致地表微生物群落功能基因的丰度增加，土壤微生物的群落 结构受到了显著的影响，而采割处理(用来模仿收获地表植被生物 量，并用于生物能源)增强了加温处理导致的温度增加作用，但降低 了微生物群落的分散度(结构，多样性，丰度)和功能基因(碳， 中南大学博士论文 摘要 氮，磷，硫循环基因)的丰度，差异分解分析表明，除土壤温度以 外，土壤和植物变量可以解释79．4％的总变异，表明土壤温度升高通过 影响土壤和植物变量而影响土壤中微生物群落结构的。 总而言之，通过GeoChip对两种典型环境(极端酸性水环境和气 候变暖下的土壤环境)中微生物的群落结构的研究，我们认为， GeoChip作为一种宏基因组学研究技术，其为环境微生物，尤其是在环 境微生物功能基因组学方面的研究，提供了一个强有力的工具，它能 够在功能基因水平上研究环境微生物群落结构和功能基因的变化，进 而推断环境中可能存在或变化的生态功能，并且，通过多元统计分析 环境参量同基因芯片数据的相互关系，可以使我们更好的认识环境微 生物同环境参量的相互作用关系。该技术加深了人们对环境微生物功 能变化及其与环境参量之间相互关系的认识。 关键词环境微生物，功能基因，基因芯片，酸性矿坑水，气候变暖 Ⅱ 中南大学博士论文 Abs仃act Abstract The is int11e iIl it and microorganismIlbiquitousna：ture，a11dparticipates isunderttlle iIl rolenatlJre a：bng irnportam biogeochemicalcycling，such弱 carbon，nitrogen