基于Gene Ontology的MicroRNA功能聚类.pdfVIP

第30卷第5期 平顶山学院学报 Vo1．30No．5 2015年 1O月 JournalofPingdingshanUniversity Oct．2015 基于 GeneOntology的MicroRNA功能聚类 蓝朝旺，陈庆锋 (广西大学 计算机与电子信息学院，广西 南宁530004) 摘 要：MicroRNA(miRNA)的许 多生物过程是通过影响靶基因的转录后表达．miRNA与靶标之间的互 补程度和性质决定其基因调控作用．结构相似性可以作为一个强有力的方法推断分子功能的相似性．然而，结构 比对的方法来度量miRNA之间的相似性通常不太准确，而且时间开销大．对这些表达差异的miRNA的靶标基 因进行聚类，可以很好地理解miRNA的功能．提 出一个新的GO(geneOntology)语义相似性的方法来区分miR— NA功能组．该方法采用项信息和边的权重来度量 GO项的权重．此外，2个 GO图的共同项和非共同项还被用来 度量这2个图之间的相似度．对于2个miRNA，它们之间的相似性可以用它们靶标基因标注的GO项的相似性 来计算．实验结果表明此方法不仅可以将相似功能的miRNA聚在一起 ，而且可以预测未知 miRNA的功能． 关 键 词：GeneOntoloyg；miRNA；权重；图；聚类 中图分类号：TP391 文献标识码 ：A 文章编号 ：1673—1670(2015)05—0065—06 用一个比较合理有效的方法度量miRNA之间的关 0 引言 系．而采用 miRNA的靶标基因的相似性来度量 miRNA是一种长约 22个核苷酸的小非编码 miRNA之间的功能相似性是个 比较合适的方法． RNA分子．它在植物和动物中具有高保守性，同时 此外 GeneOntology(GO)提供一个很好的方式来 也是在基因表达中重要的调控物质．尽管 miRNA 度量基因之间的功能相似性 j．因此，miRNA的靶 不参与蛋 白质的表达，但是很多研究表明它们通过 标基因之间的相似性可以采用GO语义相似性来 绑定到靶标基因来调控很多重要的生物过程，例如 度量． 细胞发育，癌症发展以及免疫系统等…．因此 miR- GeneOntoloyg 是一个有层次的有 向图．这个 NA的功能相似度可 以采用它们的靶标基因的相 有向图是采用结构化控制的词汇来描述基因的功 似度来度量．另外，通常情况下多个miRNA会形成 能 6j．在一个GO图中，节点通常称为项，并且常用 一 个调控组来共同调控一个生物过程 J．识别出 来描述基因的功能．而边通常是来表示2个项之间 这些miRNA的功能组有助于研究生物过程． 的关系．最常见的 2个项之间的关系是 is—a和 目前已经有很多基于序列或结构相似度的方 part—of的关系 J．G0图之间的相似性 已经被广泛 法来对 miRNA聚类．例如 Rfam数据库 和 miR— 用于生物信息学中，例如通路分析 ]，基因网络分 Base 数据库就是采用序列的相似性来对miRNA 析 以及基因表达研究 。。等． 聚类．这些聚类的记过可以帮助研究人员研究 目前也有很多方法来度量 2个 GO图之间的 miRNA的功能以及它们之间的交互作用．有些 相似度．这些方法可以分成基于节点的方法和基于 miRNA虽然它们之间的序列和结构非常相似，但 边的方法 ．基于节点的方法需要计算每个项的 是它们可能拥有不同的功能．在这2个数据库中， 项信息值．这个项信息值是用来度量一个项的特异 像这类的miRNA通常被人为地