大丽轮枝菌（Verticillium dahliae VdLs.17）分泌组预测及分析.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(15):3142-3153 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.15.009 大丽轮枝菌（Verticillium dahliae VdLs.17） 分泌组预测及分析 田 李，陈捷胤，陈相永，汪佳妮，戴小枫 （中国农业科学院作物科学研究所，北京100081） 摘要：【目的】预测并分析大丽轮枝菌基因组范围内的分泌蛋白，为大丽轮枝菌分泌蛋白致病机理的研究奠 定基础。【方法】利用已公布的大丽轮枝菌全基因组序列，组合使用生物信息学软件SignalP、TargetP、TMHMM、 Big-pi 和PROSITE，预测大丽轮枝菌基因组范围内所有分泌蛋白，定义为分泌组。统计分析分泌组中蛋白N-端信 号肽特点；应用碳水化合物活性酶类数据库和病原菌-寄主互作蛋白数据库对分泌组蛋白进行注释，预测分泌组中 潜在果胶酶、纤维素酶和病原菌寄主互作蛋白；利用真菌激发子的保守结构域，预测分泌组中潜在的激发子蛋白 集；应用BLASTP 程序比较分析大丽轮枝菌和黑白轮枝菌分泌组，获得大丽轮枝菌相对于黑白轮枝菌特异的分泌蛋 白。【结果】大丽轮枝菌分泌组共有922 个蛋白。信号肽分析表明，以19 个氨基酸为信号肽的蛋白数目最多，非 极性氨基酸丙氨酸的出现频率最高，而有带电侧链的氨基酸天冬氨酸和谷氨酸的出现频率最低，信号肽的-3 和-1 位置上的氨基酸相对保守。大丽轮枝菌分泌组含有158 个潜在的碳水化合物活性酶类，其中，包括10 个果胶水解 酶和14 个果胶裂解酶；190 个潜在的病原菌-寄主互作蛋白、97 个含有RxLx[EDQ]模体的蛋白和52 个富含半胱氨 酸的小分子量分泌蛋白；58 个相对于黑白轮枝菌分泌组特异的蛋白。【结论】本文建立了预测大丽轮枝菌分泌组 蛋白的方法。分泌组蛋白信号肽长度具有高度的变异性，氨基酸组成多为脂肪族氨基酸，序列在C-端结构域较为 保守。分泌组中包含大量潜在的果胶降解酶、病原菌-寄主互作蛋白、RxLx[EDQ]模体蛋白和富含半胱氨酸的小分 子量蛋白等致病相关蛋白。 关键词：大丽轮枝菌；分泌蛋白；信号肽；碳水化合物活性酶；激发子 Prediction and Analysis of Verticillium dahliae VdLs.17 Secretome TIAN Li, CHEN Jie-yin, CHEN Xiang-yong, WANG Jia-ni, DAI Xiao-feng (Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081) Abstract: 【Objective 】The aim of this study was to predict and analyze secretome of Verticillium dahliae, an important soil-born fungal pathogen that causes vascular wilt diseases. 【Method 】The softwares SignalP, TargetP, TMHMM, Big-pi and PROSITE were used to predict the sectetome of V. dahliae. Protein databases were used for secretome annotation to find putative pectinase, cellulose and pathogen-host interaction proteins. The proteins with common fungal effector character were investigate