中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用.pdfVIP

中国农业科学 2012,45(6): 1042-1053 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.06.002 中国苦荞SSR 分子标记体系构建及其 在遗传多样性分析中的应用 1,2 2,3 2 高 帆 ，张宗文 ，吴 斌 1 2 3 （山西大学生命科学学院，太原 030006 ； 中国农业科学院作物科学研究所，北京 100081； 国际生物多样性中心东亚办事处，北京 100081） 摘要：【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR 分子标记体系，为综合 评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以 50 份苦荞种质为试验材料，用正交设计法[L 5 16 (4)]筛选适用于苦荞 SSR 标记分析的PCR 反应体系，浓度梯度检测最佳胶分离效果，并从250 对不同科属作物SSR 引物中筛选出19 对 引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR 反应体系为DNA 模板30 ng，Taq 酶2.0 U·L-1，dNTP、引 物和Mg2+ -1 -1 -1 终浓度分别为150 μmol·L 、0.1 μmol·L 、2.0 mmol·L ，总体积为25 μL，6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。 SSR 引物筛选率为7.6%，蓼科同属甜荞的SSR 引物适用于苦荞SSR 扩增。19 对引物共检测到157 个等位变异，每 对SSR 引物检测到的等位变异2—11 个，平均等位变异（NA）7.42 个，平均多态性信息量（PIC）0.888，平均鉴 定力（DP）5.684，2 对为SSR 骨干引物。利用Popgen Ver.1.31 软件，当遗传相似度（GS）为0.578 时，50 份苦 荞材料被分为 5 个组群，聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高，该 区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR 分子标记体系适用 于中国苦荞种质资源遗传多样性分析，甜荞SSR 引物可用于苦荞SSR 标记分析，TBP5 和Fes2695 为苦荞SSR 骨干 引物，50 份苦荞材料遗传多样性丰富，可划分为5 个组群。 关键词：苦荞；SSR；遗传多样性 Construction and Application of SSR Molecular Markers System for Genetic Diversity Analysis of Chinese Tartary Buckwheat Germplasm Resources GAO Fan1,2, ZHANG Zong-wen2,3, WU Bin2 1 2 ( College of Life Science of Shanxi University, Taiyuan 030006 ; Institute of Crop Sciences, Chinese Academy of Agricultu